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liying2010B银虫 (小有名气)
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[求助]
请教：代谢组学数据预处理结果里各英文参数的意义？
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本人采用XCMS-online 对GC-MS数据预处理，因为是新手，结果里各英文参数的意义很多都不知道是什么含义，且该选其中的哪几个进入下一步分析呢？ 参数分别为：featureidx name METLIN_MSMS fold pvalue mzmed rtmed maxint dataset1_mean dataset2_mean isotopes adducts peakgroup usernotes tstat qvalue fscore mzmin mzmax rtmin rtmax dataset1_sd dataset2_sd 特来向各位代谢组学的高手们请教，还望大侠们不吝赐教一二，小女子感激不尽！如有需要，好的答案我在手动追加金币也可以呀！这个月要出结果，着急呀，好心的您快来帮帮我吧！     |
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 气质实验及数据处理 |
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【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
wizardfan: 金币+1, 谢谢参与 2013-01-21 06:16:15
liying2010B: 金币+20, ★★★★★最佳答案, O(∩_∩)O谢谢，特别欢迎你来回帖哦！ 2013-01-21 12:54:22
wizardfan: 金币+1, 谢谢参与 2013-01-21 06:16:15
liying2010B: 金币+20, ★★★★★最佳答案, O(∩_∩)O谢谢，特别欢迎你来回帖哦！ 2013-01-21 12:54:22
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xcms给出的excel表中 有用的参数分别是 name，mzmed （质荷比） ，rtmed（出峰时间）这几个，还一个峰面积的参数（你所给的众多参数中没看到） 这些数据是归属于每个质谱峰（或称为碎片峰）的（可能有好几百个质谱峰，但实际上色谱峰是几十个，这是因为色谱-质谱仪器每个色谱峰至少有3到5次的扫描，质谱间隔也有若干次扫描。） 先按照rtmin的出峰时间，从小到大把execl表中每一行排列好 然后出峰时间有效位数前三位几乎一样的那些质谱峰，很大可能来源于同一个色谱峰（每个色谱峰代表一种生物标志物） 在质谱工作站中，把色谱峰的质谱信息和这些质谱峰的质荷比相比较，确定哪些质谱峰是属于同一个色谱峰，然后把它们峰面积相加。 |
8楼2013-01-19 13:14:33
wizardfan
至尊木虫 (著名写手)
- BioEPI: 18
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- 专业: 生物信息学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
liying2010B: 金币+5, ★★★很有帮助, 感谢您的热心帮忙。 2013-01-10 14:37:35
amisking: BioEPI+1, good！ 2013-01-10 20:30:17
感谢参与，应助指数 +1
liying2010B: 金币+5, ★★★很有帮助, 感谢您的热心帮忙。 2013-01-10 14:37:35
amisking: BioEPI+1, good！ 2013-01-10 20:30:17
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没有用过那个软件，不过猜想可以在手册中找到这些缩写。 在这里猜几个 featureidx： feature在LC-MS中是指一小块区域（横坐标为retention time，纵坐标为m/z），这块区域可以鉴定为某个物质，比如多肽，idx是index，序数 name： 这个就不说了 fold：变化的倍数 pvalue：统计学指标，一般越小越好 tstat qvalue fscore:其他的统计学指标 mzmed：猜测是median of m/z，就是feature区域里，m/z的中心值 rtmed：median of retention time，RT的中心值，和mzmed一起，就标明了feature的中心位置 maxint： maximum intensity最大峰值 dataset1_mean dataset2_mean：数据组1和2的平均值 dataset1_sd dataset2_sd： 标准方差 standard deviation usernotes：用户笔记 mzmin mzmax rtmin rtmax：m/z 以及RT 的最大值，最小值 |
2楼2013-01-10 07:36:18
liying2010B
银虫 (小有名气)
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3楼2013-01-10 14:38:41
【答案】应助回帖
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wizardfan: 金币+5, 谢谢分享经验 2013-01-12 07:57:40
liying2010B: 金币+25, ★★★很有帮助 2013-01-12 21:22:18
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wizardfan: 金币+5, 谢谢分享经验 2013-01-12 07:57:40
liying2010B: 金币+25, ★★★很有帮助 2013-01-12 21:22:18
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这是scripps的metlin扩展工具吧，显然有在线文档啊 http://metlin.scripps.edu/xcms/faq.php |
4楼2013-01-11 16:45:37
