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liying2010B银虫 (小有名气)
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请教：代谢组学数据预处理结果里各英文参数的意义？
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本人采用XCMS-online 对GC-MS数据预处理，因为是新手，结果里各英文参数的意义很多都不知道是什么含义，且该选其中的哪几个进入下一步分析呢？ 参数分别为：featureidx name METLIN_MSMS fold pvalue mzmed rtmed maxint dataset1_mean dataset2_mean isotopes adducts peakgroup usernotes tstat qvalue fscore mzmin mzmax rtmin rtmax dataset1_sd dataset2_sd 特来向各位代谢组学的高手们请教，还望大侠们不吝赐教一二，小女子感激不尽！如有需要，好的答案我在手动追加金币也可以呀！这个月要出结果，着急呀，好心的您快来帮帮我吧！     |
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liying2010B
银虫 (小有名气)
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3楼2013-01-10 14:38:41
wizardfan
至尊木虫 (著名写手)
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【答案】应助回帖
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liying2010B: 金币+5, ★★★很有帮助, 感谢您的热心帮忙。 2013-01-10 14:37:35
amisking: BioEPI+1, good！ 2013-01-10 20:30:17
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amisking: BioEPI+1, good！ 2013-01-10 20:30:17
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没有用过那个软件，不过猜想可以在手册中找到这些缩写。 在这里猜几个 featureidx： feature在LC-MS中是指一小块区域（横坐标为retention time，纵坐标为m/z），这块区域可以鉴定为某个物质，比如多肽，idx是index，序数 name： 这个就不说了 fold：变化的倍数 pvalue：统计学指标，一般越小越好 tstat qvalue fscore:其他的统计学指标 mzmed：猜测是median of m/z，就是feature区域里，m/z的中心值 rtmed：median of retention time，RT的中心值，和mzmed一起，就标明了feature的中心位置 maxint： maximum intensity最大峰值 dataset1_mean dataset2_mean：数据组1和2的平均值 dataset1_sd dataset2_sd： 标准方差 standard deviation usernotes：用户笔记 mzmin mzmax rtmin rtmax：m/z 以及RT 的最大值，最小值 |
2楼2013-01-10 07:36:18
【答案】应助回帖
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wizardfan: 金币+5, 谢谢分享经验 2013-01-12 07:57:40
liying2010B: 金币+25, ★★★很有帮助 2013-01-12 21:22:18
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liying2010B: 金币+25, ★★★很有帮助 2013-01-12 21:22:18
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这是scripps的metlin扩展工具吧，显然有在线文档啊 http://metlin.scripps.edu/xcms/faq.php |
4楼2013-01-11 16:45:37
【答案】应助回帖
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wizardfan: 金币+1, 谢谢参与 2013-01-12 07:57:47
wizardfan: 金币+1, 谢谢参与 2013-01-12 07:57:47
5楼2013-01-11 16:47:45
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