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jmren3361

铜虫 (正式写手)

[求助] 荧光探针

最近在学习荧光定量PCR,有几个不懂的地方请教大家:
TaqMan探针结合到模板上后,由于Taq酶的活性,被切割产生荧光
FRET、Molecular beacon、Scorpion primer结合到模板上后,是不是一直待在模板上?探针与模板的结合会不会影响PCR扩增?探针与模板的结合与PCR扩增是如何同步进行的?
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ccharlien

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+5, 鼓励积极发帖帮助解答问题。 2013-01-08 20:52:28
jmren3361: 金币+1, ★★★很有帮助 2013-01-23 08:59:28
1. 探针不是一直待在模板上,在变性的时候也会解链,但由于探针的退火温度高(一般设计的时候会比引物的退火温度高10度以上),在引物还没有退火结合到模板上的时候,探针已经退火和模板结合了,因此探针和模板的结合程度高于引物。
2. 探针与模板的结合会不影响PCR扩增,因为PCR的时候已经有较稳定的探针-模板结合物
3. Taq酶的3'切割活性会在遇到探针-模板结合物的时候切割探针,使PCR继续下去
3楼2013-01-08 20:11:06
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zhang881007

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
是合成引物时一起合成上去的,不影响PCR
shine
2楼2013-01-08 15:43:20
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jmren3361

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by ccharlien at 2013-01-08 20:11:06
1. 探针不是一直待在模板上,在变性的时候也会解链,但由于探针的退火温度高(一般设计的时候会比引物的退火温度高10度以上),在引物还没有退火结合到模板上的时候,探针已经退火和模板结合了,因此探针和模板的结 ...

我还有一个疑问:
以Molecular beacon为例,当94度变性时,茎环结构被打开,此时即使探针未与模板结合,荧光基团和报告基团已经分离,产生荧光,如何做到实时定量?
4楼2013-01-09 12:51:38
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jmren3361

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by ccharlien at 2013-01-08 20:11:06
1. 探针不是一直待在模板上,在变性的时候也会解链,但由于探针的退火温度高(一般设计的时候会比引物的退火温度高10度以上),在引物还没有退火结合到模板上的时候,探针已经退火和模板结合了,因此探针和模板的结 ...

呵呵,谢谢之前的回复~
5楼2013-01-09 12:52:30
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