| 查看: 1232 | 回复: 8 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[求助]
求救Rosetta dock!!!小弟银两有限，跪谢！！
|
|||
|
各位虫友！ 我在Rosetta上提交ligand-reception.pdb, 官网提示：Not enough chains in submitted protein! [At least two chains should be present] Invalid docking partners string, must be list of chains in correct order, without repetion separated by underscore! 请问用Surflexdock怎么解决这个问题 啊？？如何把结合上的配体也命名成一条 链啊？？万分感谢各位了！！！ 官网tutorial说了这么几句话，费解啊： 1、when creating a combined single input file with both partners, place a TER linebetween the two paners. RosettaDock is that protein backbone 2、conformations typically do not change much upon association. This holds for many proteins, but not all. If you believe that the backbone of one of your partners is flexible, you should be cautious with the results. docking of a short, flexible peptide (~10 residues) is not likely to work, since a peptide lacks the tertiary interactions which stabilize full-size domains (75-250 residues). 看了半天也不知在pdb哪里加TER，而且配 体恰好就是7个aa，会不会backbone conformation改变啊？实在抱歉各位大 侠，不是学药化的伤不起啊！！ [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 酶的资料 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
» 猜你喜欢
2025冷门绝学什么时候出结果
已经有3人回复
-
天津工业大学郑柳春团队欢迎化学化工、高分子化学或有机合成方向的博士生和硕士生加入
已经有4人回复
-
康复大学泰山学者周祺惠团队招收博士研究生
已经有6人回复
-
AI论文写作工具：是科研加速器还是学术作弊器？
已经有3人回复
-
孩子确诊有中度注意力缺陷
已经有6人回复
-
2026博士申请-功能高分子，水凝胶方向
已经有6人回复
-
论文投稿，期刊推荐
已经有4人回复
-
硕士和导师闹得不愉快
已经有13人回复
-
请问2026国家基金面上项目会启动申2停1吗
已经有5人回复
-
同一篇文章，用不同账号投稿对编辑决定是否送审有没有影响？
已经有3人回复
送鲜花一朵|
前辈，请看下图~！！！ pic.jpg(10.91KB) http://kuai.xunlei.com/d/LnU4Dd8FABjtUAQA8ab?p=130497 我对接的多肽配体虽然改成了B链，却怎么也连不起来！如图： pic2.jpg(14.23KB) http://kuai.xunlei.com/d/LnU4DeIFUhjtUAQAf7a?p=130497 不知怎么解决  ？！真心求教版主前辈，如果可以希望能Q上指教~如果不方便回帖或邮箱也行，真心感谢前辈~~！ |
9楼2013-01-09 15:15:54
2楼2013-01-07 08:06:25
送鲜花一朵|
谢谢！敢问下前辈：我用的是Rosetta 网页版，http://rosettaserver.graylab.jhu.edu/docking/submit是不是必须装Rosetta才能进Rosetta flexpep模块？谢谢前辈~！！！ |
3楼2013-01-07 15:54:41
4楼2013-01-08 08:11:18