24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1385  |  回复: 8
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

jamesxue

新虫 (初入文坛)

[求助] 求救Rosetta dock!!!小弟银两有限,跪谢!!

各位虫友!
       我在Rosetta上提交ligand-reception.pdb, 官网提示:Not enough chains in submitted protein! [At least two chains should be present] Invalid docking partners string, must be list of chains in correct order, without repetion separated by underscore! 请问用Surflexdock怎么解决这个问题 啊??如何把结合上的配体也命名成一条 链啊??万分感谢各位了!!! 官网tutorial说了这么几句话,费解啊: 1、when creating a combined single input file with both partners, place a TER linebetween the two paners.

RosettaDock is that protein backbone

2、conformations typically do not change much upon association. This holds for many proteins, but not all. If you believe that the backbone of one of your partners is flexible, you should be cautious with the results. docking of a short, flexible peptide (~10 residues) is not likely to work, since a peptide lacks the tertiary interactions which stabilize full-size domains (75-250 residues). 看了半天也不知在pdb哪里加TER,而且配 体恰好就是7个aa,会不会backbone conformation改变啊?实在抱歉各位大 侠,不是学药化的伤不起啊!!

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

酶的资料

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jamesxue

新虫 (初入文坛)

送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by zh1987hs at 2013-01-09 08:37:03
加油哈~~~哈哈...

嗯,好的!!已经按照usage&FAQ过了一遍,fail了还是有些细节问题想详细请教前辈~不知能否加Q详聊~~~~或者前辈不方便加我也行~~~693324738,小弟谢过前辈!!!
8楼2013-01-09 10:01:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jamesxue: 金币+4, ★★★★★最佳答案, 太给力了!!! 2013-01-07 15:55:05
rosetta dock是做蛋白-蛋白对接的~rosetta 3.4里有单独的rosettaligand, 这个模块才是做蛋白-小分子对接的啊~你的7个aa的配体貌似是个多肽,好像Rosetta里还有个flexpep的对接模块,那个才是最适合你的吧~

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2013-01-07 08:06:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jamesxue

新虫 (初入文坛)

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2013-01-07 08:06:25
rosetta dock是做蛋白-蛋白对接的~rosetta 3.4里有单独的rosettaligand, 这个模块才是做蛋白-小分子对接的啊~你的7个aa的配体貌似是个多肽,好像Rosetta里还有个flexpep的对接模块,那个才是最适合你的吧~

谢谢!敢问下前辈:我用的是Rosetta 网页版,http://rosettaserver.graylab.jhu.edu/docking/submit是不是必须装Rosetta才能进Rosetta flexpep模块?谢谢前辈~!!!
3楼2013-01-07 15:54:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

引用回帖:
3楼: Originally posted by jamesxue at 2013-01-07 15:54:41
谢谢!敢问下前辈:我用的是Rosetta 网页版,http://rosettaserver.graylab.jhu.edu/docking/submit是不是必须装Rosetta才能进Rosetta flexpep模块?谢谢前辈~!!!...

http://flexpepdock.furmanlab.cs.huji.ac.il/
哈哈~看看是不是这个~~~
4楼2013-01-08 08:11:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 南昌大学材料专硕311分求调剂 +9 77chaselx 2026-03-20 9/450 2026-03-27 09:00 by 3Strings
[考研] 085600材料与化工306 +9 z1z2z3879 2026-03-21 10/500 2026-03-27 08:44 by 不吃魚的貓
[考研] 327求调剂 +7 prayer13 2026-03-23 7/350 2026-03-26 20:48 by 不吃魚的貓
[考研] 求调剂 +8 Auroracx 2026-03-22 8/400 2026-03-26 19:55 by 不吃魚的貓
[考研] 一志愿厦门大学化学学硕307求调剂 +8 y7czhao 2026-03-26 8/400 2026-03-26 19:51 by 不吃魚的貓
[考研] 291求调剂 +9 hhhhxn.. 2026-03-23 9/450 2026-03-26 18:59 by 不吃魚的貓
[考研] 289求调剂 +17 硕星赴 2026-03-23 17/850 2026-03-26 16:18 by 不吃魚的貓
[考研] 一志愿河工大 081700 276求调剂 +4 地球绕着太阳转 2026-03-23 4/200 2026-03-26 14:27 by zzll406
[考研] 生物技术与工程 +3 1294608413 2026-03-25 4/200 2026-03-25 18:02 by 1294608413
[考研] 086003食品工程求调剂 +6 淼淼111 2026-03-24 6/300 2026-03-25 10:29 by 3Strings
[考研] 318求调剂 +5 plum李子 2026-03-21 8/400 2026-03-25 09:26 by aa331100
[考研] 食品专硕 一志愿双一流 328 +3 xiaom99 2026-03-21 4/200 2026-03-24 21:20 by lailaisimei
[考研] 一志愿吉大化学322求调剂 +4 17501029541 2026-03-23 6/300 2026-03-24 10:21 by 戴围脖的小蚊子
[考研] 一志愿国科过程所081700,274求调剂 +3 三水研0水立方 2026-03-23 3/150 2026-03-23 23:11 by MajorWen
[考研] 一志愿华中农业071010,总分320求调剂 +5 困困困困坤坤 2026-03-20 6/300 2026-03-22 17:41 by hxsm
[考研] 一志愿东华大学控制学硕320求调剂 +3 Grand777 2026-03-21 3/150 2026-03-21 19:23 by 简之-
[考研] 297求调剂 +3 喜欢还是不甘心 2026-03-20 3/150 2026-03-21 18:33 by 学员8dgXkO
[考研] 一志愿深大,0703化学,总分302,求调剂 +4 七月-七七 2026-03-21 4/200 2026-03-21 18:20 by 学员8dgXkO
[考研] 261求B区调剂,科研经历丰富 +3 牛奶很忙 2026-03-20 4/200 2026-03-20 19:34 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 eation27 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:32 by JourneyLucky
信息提示
请填处理意见