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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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jamesxue

新虫 (初入文坛)

[求助] 求救Rosetta dock!!!小弟银两有限,跪谢!!

各位虫友!
       我在Rosetta上提交ligand-reception.pdb, 官网提示:Not enough chains in submitted protein! [At least two chains should be present] Invalid docking partners string, must be list of chains in correct order, without repetion separated by underscore! 请问用Surflexdock怎么解决这个问题 啊??如何把结合上的配体也命名成一条 链啊??万分感谢各位了!!! 官网tutorial说了这么几句话,费解啊: 1、when creating a combined single input file with both partners, place a TER linebetween the two paners.

RosettaDock is that protein backbone

2、conformations typically do not change much upon association. This holds for many proteins, but not all. If you believe that the backbone of one of your partners is flexible, you should be cautious with the results. docking of a short, flexible peptide (~10 residues) is not likely to work, since a peptide lacks the tertiary interactions which stabilize full-size domains (75-250 residues). 看了半天也不知在pdb哪里加TER,而且配 体恰好就是7个aa,会不会backbone conformation改变啊?实在抱歉各位大 侠,不是学药化的伤不起啊!!

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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jamesxue

新虫 (初入文坛)

送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by zh1987hs at 2013-01-09 08:37:03
加油哈~~~哈哈...

嗯,好的!!已经按照usage&FAQ过了一遍,fail了还是有些细节问题想详细请教前辈~不知能否加Q详聊~~~~或者前辈不方便加我也行~~~693324738,小弟谢过前辈!!!
8楼2013-01-09 10:01:06
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jamesxue: 金币+4, ★★★★★最佳答案, 太给力了!!! 2013-01-07 15:55:05
rosetta dock是做蛋白-蛋白对接的~rosetta 3.4里有单独的rosettaligand, 这个模块才是做蛋白-小分子对接的啊~你的7个aa的配体貌似是个多肽,好像Rosetta里还有个flexpep的对接模块,那个才是最适合你的吧~

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2楼2013-01-07 08:06:25
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jamesxue

新虫 (初入文坛)

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2013-01-07 08:06:25
rosetta dock是做蛋白-蛋白对接的~rosetta 3.4里有单独的rosettaligand, 这个模块才是做蛋白-小分子对接的啊~你的7个aa的配体貌似是个多肽,好像Rosetta里还有个flexpep的对接模块,那个才是最适合你的吧~

谢谢!敢问下前辈:我用的是Rosetta 网页版,http://rosettaserver.graylab.jhu.edu/docking/submit是不是必须装Rosetta才能进Rosetta flexpep模块?谢谢前辈~!!!
3楼2013-01-07 15:54:41
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

引用回帖:
3楼: Originally posted by jamesxue at 2013-01-07 15:54:41
谢谢!敢问下前辈:我用的是Rosetta 网页版,http://rosettaserver.graylab.jhu.edu/docking/submit是不是必须装Rosetta才能进Rosetta flexpep模块?谢谢前辈~!!!...

http://flexpepdock.furmanlab.cs.huji.ac.il/
哈哈~看看是不是这个~~~
4楼2013-01-08 08:11:18
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