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zhaojia8726

木虫 (初入文坛)

[求助] 晶体学中配体（含N，含O）在八面体配位中顺式、反式的问题

论文投稿，审稿人回来意见，让解释一下explain cis/trans/fac/mer orientations of donors at the octahedral coordination spheres？  文章是做晶体方面的，配体分别是含N含O、C ，配位模式中也是O、N与金属配位，本人不太理解这个顺式反式是怎么回事？  比如说间苯二甲酸5-磺酸钠中，一个羧基上的两个氧与金属螯合配位，一个羧基上的两个氧分别与两个金属配位，磺酸基上的三个氧有一个与金属配位，这样的怎样描述？  含N配体是菲啰啉这样的两个螯合N原子，这又怎样解释呢？
  希望各位专家能给出宝贵的意见！
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1楼 2013-01-01 19:36:55
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85851029

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 865685131 at 2013-01-02 13:11:00
还是不太理解，举个例子来说吧。对于这种配位模式，怎样解释？

QQ截图未命名.jpg
...

化学键配位键是人想象出来用来解释原子及分子中作用力的一种表述方式，并不是真实的存在的。
这单晶不是你自己解的吧，有几个问题，首先，你至少要给一个晶胞出来，而不是单个有机分子和几个配位原子，你这上面的金属原子应该不处在同一个晶胞里面，就好比氯化钠空间上一个钠原子周围有6个氯原子，但氯化钠绝对不是NaCl6
另外解单晶只能解出原子的相对空间位置，是解不出化学键的，化学键是脑补出来的，所谓的配位键都是后期处理通过原子距离的限制条件后期加的，当然就可能加错键，所以你看到奇怪的配位模式应该是单晶没有解对
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7楼2013-01-02 22:20:14
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85851029

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
linhua0402313: 金币+1, 感谢回帖交流，欢迎常来晶体版 2013-01-02 10:03:22
zhaojia8726: 金币+5, ★有帮助 2013-01-02 20:02:21
zhaojia8726: 金币+10 2013-01-03 12:01:06
红色绿色代表间苯二甲酸-5磺酸分子平面，s代表磺酸，点代表羧基

未命名.jpg
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2楼2013-01-01 23:45:32
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甲先生

铜虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
linhua0402313: 金币+1, 感谢回帖交流，欢迎常来晶体版 2013-01-02 10:03:29
zhaojia8726: 金币+3 2013-01-04 15:01:28
二楼解释的很正确 另 问下 二楼是用ChenDraw话出来的么？ 怎么会有网格线的？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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3楼2013-01-02 00:08:19
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lin_twins

荣誉版主 (文坛精英)

不提供晶体解析服务

优秀版主

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
linhua0402313: 金币+1, 感谢回帖交流，欢迎常来晶体版 2013-01-02 10:03:40
引用回帖:
3楼: Originally posted by 甲先生 at 2013-01-02 00:08:19
二楼解释的很正确 另 问下 二楼是用ChenDraw话出来的么？ 怎么会有网格线的？

Chemdraw里面可以调用的，画起来工整些
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记忆像是掌心里的水，不论你摊开还是紧握，终究还是会从指缝中一滴一滴流淌干净。
4楼2013-01-02 08:41:31
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