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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 代谢网络的生物信息学方法构建问题
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yyn0452

木虫 (正式写手)

[求助] 代谢网络的生物信息学方法构建问题

各位同行：
       我是第一次接触构建代谢网络。现在我手上有将近200个基因的信息，我如何才能确定这些基因间的代谢关系（有哪些相关数据库或方法），具体步骤该如何操作。希望有相关经验的同行能提点提点。
    不胜感激
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1楼 2013-01-01 17:09:03
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jieke0633

金虫 (正式写手)

一路走 一直走

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
yyn0452: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2013-01-06 23:54:00
具体你可以参照10年的综述，Thiele, I. & Palsson, B. O. (2010). A protocol for generating a high-quality genome-scale metabolic reconstruction. Nature Protocols, 5, 93-121.
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只见海洋就以为没有陆地的人不过是拙劣的探索者！
5楼2013-01-05 14:48:04
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yyn0452: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-01-02 17:26:01
cytoscape是个很好的分析软件，提供了很多plugin。
代谢数据库比较有名的就是KEGG了。
还有一般代谢网络，节点是代谢物（metabolites），连接节点的线代表的是基因，不知道这是不是你想要得到的
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2楼2013-01-02 07:51:49
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jieke0633

金虫 (正式写手)

一路走 一直走

【答案】应助回帖

先想问你是哪个学校的，再者就是我们课题组一直在做代谢网络，也发了几篇SCI。
你有什么问题，可以问问我们，呵呵。
赞一下(1人) 回复此楼
只见海洋就以为没有陆地的人不过是拙劣的探索者！
4楼2013-01-05 14:46:47
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