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yyn0452

木虫 (正式写手)


[求助] 代谢网络的生物信息学方法构建问题

各位同行:
       我是第一次接触构建代谢网络。现在我手上有将近200个基因的信息,我如何才能确定这些基因间的代谢关系(有哪些相关数据库或方法),具体步骤该如何操作。希望有相关经验的同行能提点提点。
    不胜感激
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jieke0633

金虫 (正式写手)

一路走 一直走

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
yyn0452: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2013-01-06 23:54:00
具体你可以参照10年的综述,Thiele, I. & Palsson, B. O. (2010). A protocol for generating a high-quality genome-scale metabolic reconstruction. Nature Protocols, 5, 93-121.
只见海洋就以为没有陆地的人不过是拙劣的探索者!
5楼2013-01-05 14:48:04
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yyn0452: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-01-02 17:26:01
cytoscape是个很好的分析软件,提供了很多plugin。
代谢数据库比较有名的就是KEGG了。
还有一般代谢网络,节点是代谢物(metabolites),连接节点的线代表的是基因,不知道这是不是你想要得到的
2楼2013-01-02 07:51:49
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jieke0633

金虫 (正式写手)

一路走 一直走

【答案】应助回帖

先想问你是哪个学校的,再者就是我们课题组一直在做代谢网络,也发了几篇SCI。
你有什么问题,可以问问我们,呵呵。
只见海洋就以为没有陆地的人不过是拙劣的探索者!
4楼2013-01-05 14:46:47
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