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lchunmei001

木虫 (正式写手)

[求助] read_restart非周期性边界条件

请教大家,我想先对模拟的含非周期性边界(s s p)的体系弛豫后利用该结果(restart)进行进一步的模拟,但发现restart貌似不能存储关于模拟体系的边界条件,我在利用restart文件进行进一步模拟时,就老出错,提示我的命令(如deform)不能用于周期性边界条件,请问这种情况怎么办?如果再次加入边界条件的话又会提示让加入lattice等信息,这样明显就不对了,请问大家这种情况该怎么处理?

[ Last edited by lchunmei001 on 2012-12-29 at 16:07 ]
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-01-01 14:00:12
lchunmei001: 金币+15, 有帮助 2013-01-13 09:14:27
引用回帖:
3楼: Originally posted by lchunmei001 at 2012-12-29 21:44:26
楼上能否具体一些,已经转成data文件了,但不知道怎么加入非周期边界条件?data文件如下:
LAMMPS data file from restart file: timestep = 10000, procs = 1

4140 atoms

1 atom types

1.76435891969841 ...

非周期边界条件需要在你的输入文件里设置, 然后从data文件里读入周界数据。 另外,有些指令对边界条件有特别要求。
若还有疑问, 贴出你的输入文件和错误信息。。
4楼2012-12-30 14:08:28
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-01-01 13:59:57
lchunmei001: 金币+5, 有帮助 2013-01-13 09:14:15
把restart转成data文件,然后自己修正。
2楼2012-12-29 17:16:39
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lchunmei001

木虫 (正式写手)

楼上能否具体一些,已经转成data文件了,但不知道怎么加入非周期边界条件?data文件如下:
LAMMPS data file from restart file: timestep = 10000, procs = 1

4140 atoms

1 atom types

1.7643589196984124e+00 6.8364067338083956e+01 xlo xhi
0.0000000000000000e+00 2.8779245994292481e+01 ylo yhi
0.0000000000000000e+00 3.3231410843758454e+01 zlo zhi

Masses

1 58.69

Atoms

1 1 2.3180795497795548e+00 2.7804986077682554e+00 2.2132490999663856e+00 -512 -512 -512
5 1 4.4786939123806073e+00 1.3074796094784296e+00 1.4553209760089412e+00 -512 -512 -512
54 1 6.7517995267437350e+00 2.8543446596840343e+00 2.1924282346059987e+00 -512 -512 -512
3楼2012-12-29 21:44:26
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lchunmei001

木虫 (正式写手)

谢谢大家关注,谢谢ddll_slsl,是可以重新加入命令就是。非常感谢。
5楼2013-01-13 11:29:19
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