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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 104个POPE分子充分溶剂化最少需要多少个水分子
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没味道的味道

铜虫 (初入文坛)

[求助] 104个POPE分子充分溶剂化最少需要多少个水分子

想在POPE脂质膜两侧建水盒子，密度保证了，但怕水分子太少，脂质膜不能充分溶剂化，又不希望体系太大，增加计算成本，不知道104个POPE分子充分溶剂化最少需要多少个水分子
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走错的也是路
1楼 2012-12-29 08:40:53
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superdirac

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-30 10:27:07
没味道的味道: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-01-03 16:16:34
建议你用这个网站去制备 membrane体系。

一般情况下，保证每个pope分子有50个水分子。
或者在膜的两侧的水层分别有10 埃。
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
2楼2012-12-30 08:43:53
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
没味道的味道: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-01-03 16:17:32
补充楼上的网站地址：
http://www.charmm-gui.org/?doc=input/membrane
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3楼2012-12-30 10:27:40
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superdirac

木虫 (正式写手)
内容已删除
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
4楼2012-12-31 09:16:01
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