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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » LAMP法靶序列怎么找回！！！
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dajin

铁虫 (小有名气)

[求助] LAMP法靶序列怎么找回！！！ 已有1人参与

LAMP（环介导等温扩增）法中，我要扩增基因的靶序列找不到了，现在只有引物的序列。因需要设计环引物，所以必须需要靶序列。
能有什么方法通过引物序列来找回基因的靶序列或靶序列的基因名称吗？请大家帮帮忙，非常感谢。引物是通过http://primerexplorer.jp/e/index.html这个在线软件设计的。
OMP：  ID:35     dimer(minimum)dG=-2.13  
  label 5'pos 3'pos len Tm 5'dG 3'dG GCrate Sequence
  F3 187 206 20 60.75 -5.25 -5.50 0.55 ACCAGAACTACGGTCAGTGG
  B3 392 410 19 59.22 -4.36 -4.90 0.53 GTCTTCAGCAACGGTGTCT
  FIP   38     GCGCAGCCTGCAGATTGAAG-GTCTGGGGTGGTGCAAAG
  BIP   40     GGCAAGACCGCAGTTACCGC-TTGGTGTAGGAAACTTCCGG
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1楼 2012-12-27 09:31:25
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soarrow

铁杆木虫 (正式写手)

酱油歪楼党
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhangyunjing at 2014-08-28 16:34:59
采用ncbi primer blast一般都能搜到对应引物的靶序列

不用这么复杂，直接把F3-B3放进NCBI做个Blast就完事了
如果出来种类很多，再把FIP大致拆分成F2、F1c，BIP也类似拆分，放F3-B3之间进行比对就完事了
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4楼2014-08-29 09:03:53
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暴力曹

银虫 (初入文坛)
能咨询一下关于LAMP的信息不~
赞一下 回复此楼
无心亦心 自在观真
2楼2013-11-04 21:21:12
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zhangyunjing

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2014-08-28 21:49:39
采用ncbi primer blast一般都能搜到对应引物的靶序列
赞一下 回复此楼
rainwater
3楼2014-08-28 16:34:59
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