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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 如何用Pipeline去除掉sdf文件中的重复分子
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wl507586

禁虫 (小有名气)
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1楼 2012-12-22 13:18:31
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lrf1980

新虫 (小有名气)
怎么会生成很多构象呢？一般不是生成能量最小构象么？不然的话，也没有什么意义啊。
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2楼2012-12-24 21:07:10
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小旭823

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-12-25 08:43:10
wl507586: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-12-27 15:11:28
使用remove duplicate molecules這個component就行了
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3楼2012-12-25 00:13:57
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wl507586

禁虫 (小有名气)
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4楼2012-12-25 18:31:08
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wl507586

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5楼2012-12-25 19:26:08
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费佳

铁虫 (初入文坛)
版主，您好，请问一下您的pipeline是在哪下的啊？能否发给我一份或者告诉我一下下载地址啊？不甚感激。邮箱yiying405051766@126.com
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6楼2012-12-26 09:24:53
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小旭823

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by wl507586 at 2012-12-25 19:26:08
好的，谢谢，我还想问一下，如果两个相同的分子，一个是离子的形式，一个是完整分子，在pp里应该不算是duplicate molecules把？...

你需要三個component
完整流程如下:
SD reader -> remove duplicate molecules -> SD writer
這樣就會去掉所有重複的molecules

另外你問的一個是離子, 一個是完整分子的問題
不算同一個, 因為remove duplicate molecules 會先將molecules 轉換成canonical SMILE format, 再進行比對
當然, 三維構形旋轉角度不一樣都算是一個, 但是變成離子, 轉換後的計算就會判斷成另一個
也就不會去掉了

不知道這樣是否有回答道你的問題！
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wl507586
7楼2012-12-28 01:01:29
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wl507586

禁虫 (小有名气)
送鲜花一朵
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8楼2012-12-28 23:11:10
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