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wl507586

禁虫 (小有名气)

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lrf1980

新虫 (小有名气)

怎么会生成很多构象呢?一般不是生成能量最小构象么?不然的话,也没有什么意义啊。
2楼2012-12-24 21:07:10
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小旭823

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-12-25 08:43:10
wl507586: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-12-27 15:11:28
使用remove duplicate molecules這個component就行了
3楼2012-12-25 00:13:57
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wl507586

禁虫 (小有名气)

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4楼2012-12-25 18:31:08
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wl507586

禁虫 (小有名气)

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5楼2012-12-25 19:26:08
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费佳

铁虫 (初入文坛)

版主,您好,请问一下您的pipeline是在哪下的啊?能否发给我一份或者告诉我一下下载地址啊?不甚感激。邮箱yiying405051766@126.com
6楼2012-12-26 09:24:53
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小旭823

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by wl507586 at 2012-12-25 19:26:08
好的,谢谢,我还想问一下,如果两个相同的分子,一个是离子的形式,一个是完整分子,在pp里应该不算是duplicate molecules把?...

你需要三個component
完整流程如下:
SD reader -> remove duplicate molecules -> SD writer
這樣就會去掉所有重複的molecules

另外你問的一個是離子, 一個是完整分子的問題
不算同一個, 因為remove duplicate molecules 會先將molecules 轉換成canonical SMILE format, 再進行比對
當然, 三維構形旋轉角度不一樣都算是一個, 但是變成離子, 轉換後的計算就會判斷成另一個
也就不會去掉了

不知道這樣是否有回答道你的問題!

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7楼2012-12-28 01:01:29
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wl507586

禁虫 (小有名气)

送鲜花一朵
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8楼2012-12-28 23:11:10
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