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mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] gromacs 相关函数计算 autocorrelation function

gromacs计算二面角的自相关函数 autocorrelation function
命令如下:
g_angle -f traj.trr -n dihedral.ndx -type dihedral -b 0 -e 5000 -oc dihcorr.xvg
为什么输出只到2500 ps,也就是2.5 ns?我试过不加-b -e参数,还是只到2500,到不了5000。请高手指点,谢谢!

还想请问二面角的cross-correlation function应该怎样计算?请写下详细的命令和参数,不胜感激!
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奋斗中的小木虫
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xiaowu759

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-01-08 22:32:19
默认的是取一半
-acflen int -1 Length of the ACF, default is half the number of frames
3楼2013-01-08 17:47:17
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shengxiang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

很诡异的问题,你检查下你究竟计算了多长时间的MD吧?
2楼2013-01-07 21:52:30
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