| 查看: 3547 | 回复: 3 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
BEAST软件做Skyline Plot问题求助
|
||
|
我想用8条序列做skyline plot，其中遇到了一个问题：ESS值太小，且做不出skyline plot。我不太懂贝叶斯里面的参数，所以把具体的数据贴在附件，求指教！ --------------------------------------------------------------------------------------------- 参数设置如下： 模型：HKY base frequency:Empirical clock model: molecular model "relexed...uncorrelated log..." Estimate: 打勾 Tree选项卡: tree prior: coalescent Bayesian skyline number of groups :3 MCMC选项卡: length of chain 10000000 echo state to screen every 1000 log parameters every 1000 算出来最小的ESS为3.194, 远远小于200. 为了解决这个问题，我按照说明书的建议将chain length 增加了66倍。 第二次更改的参数 chainLength="660000000" log parameters every 66000 BEAST跑完之后ESS最小仍然为19.317（见附件）；而skyline plot 的图形很奇怪，均值会在95%PHD上限之上。有人能帮忙解释一下这个现象吗？是不是我哪儿做得不对？除此之外，有没有别的方法可以增加ESS值呢？ |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : skylineplot问题.rar
2012-12-20 11:21:56, 6.47 M
» 猜你喜欢
假如你的研究生提出不合理要求
已经有12人回复
-
实验室接单子
已经有7人回复
-
全日制（定向）博士
已经有5人回复
-
萌生出自己或许不适合搞科研的想法，现在跑or等等看？
已经有4人回复
-
Materials Today Chemistry审稿周期
已经有4人回复
-
参与限项
已经有3人回复
-
对氯苯硼酸纯化
已经有3人回复
-
所感
已经有4人回复
-
要不要辞职读博？
已经有7人回复
-
北核录用
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
wizardfan
至尊木虫 (著名写手)
- BioEPI: 18
- 应助: 599 (博士)
- 贵宾: 1.818
- 金币: 24632.2
- 散金: 197
- 红花: 48
- 沙发: 2
- 帖子: 2254
- 在线: 400.7小时
- 虫号: 1879241
- 注册: 2012-07-05
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
3楼2013-01-02 07:02:54
2楼2013-01-01 23:40:25
4楼2017-07-03 09:12:24