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BEAST软件做Skyline Plot问题求助
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我想用8条序列做skyline plot，其中遇到了一个问题：ESS值太小，且做不出skyline plot。我不太懂贝叶斯里面的参数，所以把具体的数据贴在附件，求指教！ --------------------------------------------------------------------------------------------- 参数设置如下： 模型：HKY base frequency:Empirical clock model: molecular model "relexed...uncorrelated log..." Estimate: 打勾 Tree选项卡: tree prior: coalescent Bayesian skyline number of groups :3 MCMC选项卡: length of chain 10000000 echo state to screen every 1000 log parameters every 1000 算出来最小的ESS为3.194, 远远小于200. 为了解决这个问题，我按照说明书的建议将chain length 增加了66倍。 第二次更改的参数 chainLength="660000000" log parameters every 66000 BEAST跑完之后ESS最小仍然为19.317（见附件）；而skyline plot 的图形很奇怪，均值会在95%PHD上限之上。有人能帮忙解释一下这个现象吗？是不是我哪儿做得不对？除此之外，有没有别的方法可以增加ESS值呢？ |
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本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : skylineplot问题.rar
2012-12-20 11:21:56, 6.47 M
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