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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » BEAST软件做Skyline Plot问题求助
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xingdei

铁虫 (初入文坛)

[求助] BEAST软件做Skyline Plot问题求助

我想用8条序列做skyline plot，其中遇到了一个问题：ESS值太小，且做不出skyline plot。我不太懂贝叶斯里面的参数，所以把具体的数据贴在附件，求指教！
---------------------------------------------------------------------------------------------
参数设置如下：
模型：HKY
base frequency:Empirical
clock model: molecular model "relexed...uncorrelated log..." Estimate: 打勾
Tree选项卡:
tree prior: coalescent Bayesian skyline
number of groups :3
MCMC选项卡:
length of chain 10000000
echo state to screen every 1000
log parameters every 1000

算出来最小的ESS为3.194, 远远小于200. 为了解决这个问题，我按照说明书的建议将chain length 增加了66倍。
第二次更改的参数
chainLength="660000000"
log parameters every 66000

BEAST跑完之后ESS最小仍然为19.317（见附件）；而skyline plot 的图形很奇怪，均值会在95%PHD上限之上。有人能帮忙解释一下这个现象吗？是不是我哪儿做得不对？除此之外，有没有别的方法可以增加ESS值呢？
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  • 附件 1 : skylineplot问题.rar
    • 2012-12-20 11:21:56, 6.47 M

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1楼 2012-12-20 11:23:30
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Alex_J_Xu

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
wizardfan: 金币+5, 首贴奖励，新年快乐 2013-01-02 07:02:16
xingdei: 金币+1, ★★★很有帮助 2013-01-18 20:24:35
你的序列数太少了，而且还分了3组，不太建议用SKYLINE PLOT 分析，即使做出来了也不科学，没有意义。增加序列，而且你的序列长度是多少，这个也影响ESS值。
希望能帮到你
赞一下 回复此楼
2楼2013-01-01 23:40:25
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

8条序列分3个组，有意义吗？可能吗？
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3楼2013-01-02 07:02:54
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虫虫905

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Alex_J_Xu at 2013-01-01 23:40:25
你的序列数太少了，而且还分了3组，不太建议用SKYLINE PLOT 分析，即使做出来了也不科学，没有意义。增加序列，而且你的序列长度是多少，这个也影响ESS值。
希望能帮到你

您好，我用1000条序列，步数设置长和短都是试过了，ESS还是很小，才两位数，，，序列长度为1300左右，请问有什么方法改善呢
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4楼2017-07-03 09:12:24
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