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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助】关于干标本提取基因组的问题
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千年夏日

新虫 (初入文坛)

[求助] 【求助】关于干标本提取基因组的问题

我要从一些鳞翅目的干标本中提取基因组。标本主要是11年和12年夏天采集的。虫体是用乙酸乙酯毒死后做成标本。
摸索了两个多月，仍然没能成功提取出基因组。一直用的是SDS裂解法、酚氯仿提取。
很多情况下都是在100bp以下有一个大的亮带（如下图），基因组应该是mark旁那个胶空的亮带。
现在不明白的是，那些下面的亮带是基因组都降解成了小片段吗？
从干标本里提基因组有什么技巧吗？求各位同学老师解答！谢谢！！

未命名.jpg
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1楼 2012-12-17 15:07:11
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
降解的比较厉害。提基因组应该尽量用新鲜的组织。如果要保存上比较长时间，可以泡在乙醇里，这样比干标本好很多
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2楼2012-12-17 15:33:16
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千年夏日

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-12-17 15:33:16
降解的比较厉害。提基因组应该尽量用新鲜的组织。如果要保存上比较长时间，可以泡在乙醇里，这样比干标本好很多

那请问 降解的原因是保存过程中引起的吗？
研磨样品有可能会使样品降解到这个程度吗？
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3楼2012-12-17 17:07:31
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 千年夏日 at 2012-12-17 17:07:31
那请问 降解的原因是保存过程中引起的吗？
研磨样品有可能会使样品降解到这个程度吗？...

不是研磨的问题，是DNase降解，细胞凋亡/死亡，dna断裂，酶解了。
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4楼2012-12-18 08:59:06
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vamyluo

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
首先，针对这样的样本，建议你尽量使用效率较高的试剂盒；
其次，如果实在不想用试剂盒的话，建议你在提取过程中加入适量的DNA祝沉缓冲剂，如乙酸钠等，具体原理和参数请自己查阅下相关文献。
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5楼2012-12-20 02:22:14
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