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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » Dmol3计算体系能有多大？
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qq364085265

金虫 (著名写手)

[求助] Dmol3计算体系能有多大？

请问Dmol3计算的体系最大多大·？
我要利用Dmol3计算聚乙烯的动力学模拟（热解），现在建的体系是500个聚合度，三条链放在一个无定型晶胞中，但是一运行就出现 #Warning: no global confinement specs in BASFILE
之前只计算10个聚合度的都没出现过这个问题，求解啊！~~~加急！
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1楼 2012-12-16 22:52:49
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原来是梦8804

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
qq364085265: 金币+5, ★★★很有帮助, 好的，我是想要不要用GULP·你这么一说我就决定试试了，不过对那个模块还不熟·要摸索一会··· 2012-12-18 11:16:50
fzx2008: 金币+1, 谢谢交流！ 2012-12-18 11:34:38
Dmol3跑动力学我没有试过，不过Dmol3的动力学是基于第一性原理的分子动力学计算，体系能到多大我不清楚，不过肯定不能跑很大的体系。你可以试一下GULP模块跑，是基于力场的经典分子动力学，可以跑很大的体系。
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2楼2012-12-18 11:03:31
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miao968

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+1, 谢谢交流！ 2012-12-18 22:52:13
qq364085265: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢，知道了！~ 2012-12-19 08:38:35
之前听老师说过  像是计算的体系不能太大  最多可能也就放150个原子左右
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3楼2012-12-18 15:05:21
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原来是梦8804

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
fzx2008: 金币+2, 谢谢指教！ 2012-12-18 22:52:33
qq364085265: 金币+5, 我找力场一般是看help文件··一开始用DMOL计算的时候选的compass力场，因为里面说这个力场包含聚合物。现在用GULP，可以力场的help文件离没有显示说哪些力场适合哪些体系，好像只有包含的原子之类的··我就选了个DREIDING 2012-12-19 08:41:20
LZ，我补充一下，今天我看了下GULP的力场(.lib力场)，虽然有很多力场选择，但是你计算体系的力场可能不在里面，需要你自己修改，那就需要LZ对力场文件里面的数据有详细的理解(.lib类型的力场我没用过，LZ得好好研究)。
另外，Forcite模块也有基于力场的经典分子动力学模拟，用的是.off类型的力场。这类型的力场我用过，相对熟悉一点，LZ也可以尝试一下Forcite模块的计算，不懂的可以讨论一下。
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4楼2012-12-18 22:37:56
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qq364085265

金虫 (著名写手)
内容已删除
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5楼2012-12-19 08:42:30
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qq364085265

金虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 原来是梦8804 at 2012-12-18 22:37:56
LZ，我补充一下，今天我看了下GULP的力场(.lib力场)，虽然有很多力场选择，但是你计算体系的力场可能不在里面，需要你自己修改，那就需要LZ对力场文件里面的数据有详细的理解(.lib类型的力场我没用过，LZ得好好研究 ...

还有，Forcite可以计算多大的体系？我计算的聚乙烯有4800多个原子，因为如果聚合度建小了就会体现出烷烃的性质。。。
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6楼2012-12-19 08:55:06
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t13340033021

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
qq364085265: 金币+3, ★★★很有帮助, 感谢参与，我是用AC建的周期性盒子啊···纯第一性原理肯定算不了，我就是想用基于经验参数的模块啊··昨晚用Forcite模块做了一次，速度还很快，提示也是成功了，但是没有发现断键，不知道是否是温度设低了。 2012-12-20 08:19:45
sunyang1988: 金币+1, 谢谢交流 2012-12-20 10:39:06
4800多个原子用从头算。。。开什么玩笑。用周期性体系的处理方法吧
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甲烷无敌
7楼2012-12-19 13:27:05
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