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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 在线VASP工具箱，欢迎多提建议，继续完善。
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xianxianlu

铜虫 (小有名气)

[交流] 在线VASP工具箱，欢迎多提建议，继续完善。

VASP有昂贵的图形界面MedeA，大多数课题组都买不起，或者仅仅能买少数几台许可。
其实，Materials Studio的界面比MedeA更普及，而且大部分搞材料的课题组。
怎样把Materials Studio得到的结果转换为VASP的输入文件，怎样建立能带路径，怎样计算声子，怎样画DOS和PDO图，一直是VASP用户比较头疼的问题。因此，本版块也有大量的坐标转换程序，绘图程序。
其实这些都是并不复杂的问题，我们为了自己使用VASP方便，基于网页建立了VASP工具箱，自己使用起来很方便，只要略懂计算化学的学生也可以按照指导进行VASP研究工作。但是还是很不完善，释放出来与大家一起使用，希望大家多提宝贵建议，继续完善。
使用地址：http://www.scicloud.co/model/vasp
VASP工具箱包括5个部分：
1. 结构转换和查看
（1）可以把POSCAR文件转CIF文件，导入MS软件进行进一步查看修改；把CIF文件转POSCAR文件，把MS导出的CIF文件转为VASP的POSCAR文件，用于计算。
（2）结构查看：直接把POSCAR或CONTCAR的内容复制到文本框，就可以通过Jmol软件查看结构。基本原理是把POSCAR转换为cif文件再载入Jmol。
2. 常用的优化方法
包括结构优化，晶胞优化，PBE0计算等，可以选择Normal和Accurate两种精度。
3.DOS计算
包括DOS和PDOS的计算，PDOS和DOS绘图（尙未完成）。
4. 能带结构的计算
基于ACONVASP建立能带路径，得到vasprun.xml后绘图。
5.声子能带计算
基于Phonopy，使用超晶胞和DFTP技术进行声子计算，计算后分析vasprun.xml进行绘图。

欢迎使用并提出宝贵意见。
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1楼 2012-12-15 20:43:36
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emilyoyang

木虫 (正式写手)
★
xianxianlu(金币+1): 谢谢参与
创意不错，适合新手学习，个人还是习惯命令操作 更方便~~~
想请教您 这个Jmol显示3x3x3结构如何操作的？
另外请教一下  Jmol显示晶体结构成键时 如何选择性的 让某些原子间成键？ 而不是软件默认的 谢谢~~~
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24楼2012-12-16 00:48:05
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linlonghao

金虫 (正式写手)
★
xianxianlu(金币+1): 谢谢参与
我也是初学者，努力学
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3楼2012-12-15 21:00:39
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ApolloYang

木虫 (正式写手)
★
xianxianlu(金币+1): 谢谢参与
送鲜花一朵
非常方便！
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4楼2012-12-15 21:09:13
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ice_rain

铁杆木虫 (正式写手)
★
xianxianlu(金币+1): 谢谢参与
如果做个想ms那样的就好了，不过用习惯了shell命令，这种反而不习惯了。
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5楼2012-12-15 21:15:31
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iamikaruk

木虫 (著名写手)
★
xianxianlu(金币+1): 谢谢参与
这种开放的学术精神值得赞扬
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6楼2012-12-15 21:16:37
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readytogo

荣誉版主 (文学泰斗)
★
xianxianlu(金币+1): 谢谢参与
学习了
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15楼2012-12-15 22:06:20
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userhung

禁虫 (文学泰斗)
★
xianxianlu(金币+1): 谢谢参与
thanks for unselfish sharing~~~~~~~~~~~~~~
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28楼2012-12-16 07:31:54
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xianxianlu

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
24楼: Originally posted by emilyoyang at 2012-12-16 00:48:05
创意不错，适合新手学习，个人还是习惯命令操作 更方便~~~
想请教您 这个Jmol显示3x3x3结构如何操作的？
另外请教一下  Jmol显示晶体结构成键时 如何选择性的 让某些原子间成键？ 而不是软件默认的 谢谢~~~

Jmol把{555}当作处于中心的那个晶胞，{555 555 1}就是1x1x1晶胞；
那么{444 666 1}就是3x3x3晶胞，{445 665 1}就是3x3x1晶胞；
依此类推。

默认成键是根据共价半径之和与现在的原子见距离判断出来而显示的，
要给某些原子间成键，某些原子间去掉键，通过控制台命令选择某些原子，再进行设定才可。
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30楼2012-12-16 09:10:28
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emilyoyang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
30楼: Originally posted by xianxianlu at 2012-12-16 09:10:28
Jmol把{555}当作处于中心的那个晶胞，{555 555 1}就是1x1x1晶胞；
那么{444 666 1}就是3x3x3晶胞，{445 665 1}就是3x3x1晶胞；
依此类推。

默认成键是根据共价半径之和与现在的原子见距离判断出来而显示的，
...

您说的这个超胞设置 以及 成键的实现 都是通过控制台命令实现的吧？
控制台命令我不会  请教您能不能给个示例 或者 给个相关的命令tutorial也行
谢谢~~~
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31楼2012-12-16 10:02:22
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emilyoyang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
30楼: Originally posted by xianxianlu at 2012-12-16 09:10:28
Jmol把{555}当作处于中心的那个晶胞，{555 555 1}就是1x1x1晶胞；
那么{444 666 1}就是3x3x3晶胞，{445 665 1}就是3x3x1晶胞；
依此类推。

默认成键是根据共价半径之和与现在的原子见距离判断出来而显示的，
...

刚刚google 找Jmol 常用脚本命令
检索到了您写的帖子（mail.sxu.cn/blog） 可是网页打不开  您是否方便把这个帖子 贴出来或者 发个我一份，学习一下，万分感谢~~~

20121216101309.png
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32楼2012-12-16 10:15:16
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nono2009

超级版主 (文学泰斗)
★
xianxianlu(金币+1): 谢谢参与
楼主好人
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34楼2012-12-16 10:22:33
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灵异龙

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
xianxianlu(金币+1): 谢谢参与
送鲜花一朵
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流， 2012-12-17 15:44:30
VASP在计算中小规模分子模型结构优化、总能量、态密度等性质时较为好用，精度比较高，但计算大规模分子模型的时候，尤其是不需要特别高的精度的时候，计算速度就会减慢，同时精度也会较差，这时CASTEP就更适用一些
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37楼2012-12-16 10:37:50
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王雪风

铜虫 (小有名气)
★
xianxianlu(金币+1): 谢谢参与
好啊真是
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43楼2012-12-16 11:20:00
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stirith

木虫之王 (文坛精英)
★
xianxianlu(金币+1): 谢谢参与
support
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45楼2012-12-16 11:48:04
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cory0931

至尊木虫 (文坛精英)
★
xianxianlu(金币+1): 谢谢参与
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48楼2012-12-16 12:03:51
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茅塞顿开2楼
2012-12-15 20:48   回复  
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hls859157楼
2012-12-15 21:18   回复  
xianxianlu(金币+1): 谢谢参与
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严春秋8楼
2012-12-15 21:20   回复  
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xachenxi9楼
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