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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 求各位大神帮忙校对下DNA测序图
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xiaoluoerer

新虫 (初入文坛)

[求助] 求各位大神帮忙校对下DNA测序图

如图，我做菌株的鉴定，这是测序公司发过来的测序彩图，刚开始的20位有点乱，校对之后的碱基序列应该是什么样的？

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1楼 2012-12-05 20:25:50
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiaoluoerer: 金币+2, ★有帮助 2012-12-07 09:27:32
这些位置就是不能用了，并不能凭经验就能确定是什么base的。
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2楼2012-12-06 08:45:25
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
测序刚开始的地方信号是不是很好的。如果你送的是PCR产物的话就没有办法了，如果可以克隆到载体里再测序的话，可以使用载体通用引物而保证目的片段测序质量。
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3楼2012-12-06 08:53:48
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xiaoluoerer

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-12-06 08:45:25
这些位置就是不能用了，并不能凭经验就能确定是什么base的。

那就是说我要把前20位删掉再到NCBI上去比对是吗
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4楼2012-12-06 12:38:57
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by xiaoluoerer at 2012-12-06 12:38:57
那就是说我要把前20位删掉再到NCBI上去比对是吗...

难道测序公司给你的测序结果只包含峰图么？
你再看看生成的reads，已经不包含这些了的啊
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5楼2012-12-06 13:18:33
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xiaoluoerer

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-12-06 13:18:33
难道测序公司给你的测序结果只包含峰图么？
你再看看生成的reads，已经不包含这些了的啊...

测序公司给了彩图和seq文档，文档里面的序列和彩图上标示的序列是一模一样的，相当于只是转换了下格式，另外我想问下真菌的ITS序列一般为650-750bp，为什么我测出来的都不超过600bp，这样的结果能提交到genebank吗
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6楼2012-12-06 13:45:19
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
definitely those bases are not reliable, therefore can not be used.
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7楼2012-12-06 17:58:03
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gaoyang636

木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by xiaoluoerer at 2012-12-06 13:45:19
测序公司给了彩图和seq文档，文档里面的序列和彩图上标示的序列是一模一样的，相当于只是转换了下格式，另外我想问下真菌的ITS序列一般为650-750bp，为什么我测出来的都不超过600bp，这样的结果能提交到genebank吗...

那就需要你手动去除前后两端的不确定序列了。
ITS我不懂，对不起不能给你更多建议。
但是NCBI对提交基因的长度并没有限制（其实是有限制的，但肯定远小于600bp）；如果你确定你拿到的就是全长了，或者只能拿这么长了，就提交吧。
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8楼2012-12-07 13:07:54
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xiaoluoerer

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-12-07 13:07:54
那就需要你手动去除前后两端的不确定序列了。
ITS我不懂，对不起不能给你更多建议。
但是NCBI对提交基因的长度并没有限制（其实是有限制的，但肯定远小于600bp）；如果你确定你拿到的就是全长了，或者只能拿这么 ...

好的，谢谢
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9楼2012-12-07 14:06:12
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