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qingxueer

金虫 (初入文坛)

[交流] PDB数据库 已有4人参与

从PDB中下载的多肽结构是一个NMR结构,为什么其精氨酸中的支链胍基氮原子是不饱和的,上面少一个氢原子呢?
还有在做动力学模拟时,能不能从一个长序列的蛋白分子中截取一小段序列进行模拟呢?这一截取是否会对分子结构有影响呢?
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qingxueer

金虫 (初入文坛)

其他的原子都不缺,唯独这个氮原子缺少。而且NMR结构一般是质子化的,为什么这个原子就是不符合呢?
3楼2012-12-04 22:24:37
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-05 08:13:49
你看看从PDB库里面下载的文件,是不是都却氢原子呢?

反正我从那里面下载的文件,都需要根据力场,把氢原子补上的。
2楼2012-12-04 22:14:59
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yaozhq

金虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-12-06 21:32:31
引用回帖:
3楼: Originally posted by qingxueer at 2012-12-04 22:24:37
其他的原子都不缺,唯独这个氮原子缺少。而且NMR结构一般是质子化的,为什么这个原子就是不符合呢?

可能是测定的PH条件 或者解析的时候H没解出来 不必对这个这么纠结吧 按照你自己想模拟的条件去加适当的氢就好了 截取一小段显然会有影响  当然你要是可以说明影响不大 那就也可以试试 通常来说 不至于为了省这点计算量最后被人抨击吧 QM那就另算了
4楼2012-12-05 12:42:50
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小菜亦蝶

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
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楼主,我来插个求助,我也下了个蛋白的PDB文件,但我只需要其中的一部分,怎么定位呢?那么大一团,而我只需要找到其中的一个35个残基的一段序列,然后看看它的空间位置结构等。用chime可实现吗?谢谢
5楼2012-12-06 08:45:43
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