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qingxueer

金虫 (初入文坛)

[交流] PDB数据库 已有4人参与

从PDB中下载的多肽结构是一个NMR结构，为什么其精氨酸中的支链胍基氮原子是不饱和的，上面少一个氢原子呢？
还有在做动力学模拟时，能不能从一个长序列的蛋白分子中截取一小段序列进行模拟呢？这一截取是否会对分子结构有影响呢？
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小菜亦蝶

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1楼 2012-12-04 22:11:48
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-05 08:13:49
你看看从PDB库里面下载的文件，是不是都却氢原子呢？

反正我从那里面下载的文件，都需要根据力场，把氢原子补上的。
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2楼2012-12-04 22:14:59
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qingxueer

金虫 (初入文坛)
其他的原子都不缺，唯独这个氮原子缺少。而且NMR结构一般是质子化的，为什么这个原子就是不符合呢？
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3楼2012-12-04 22:24:37
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yaozhq

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-12-06 21:32:31
引用回帖:
3楼: Originally posted by qingxueer at 2012-12-04 22:24:37
其他的原子都不缺，唯独这个氮原子缺少。而且NMR结构一般是质子化的，为什么这个原子就是不符合呢？

可能是测定的PH条件 或者解析的时候H没解出来 不必对这个这么纠结吧 按照你自己想模拟的条件去加适当的氢就好了 截取一小段显然会有影响  当然你要是可以说明影响不大 那就也可以试试 通常来说 不至于为了省这点计算量最后被人抨击吧 QM那就另算了
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4楼2012-12-05 12:42:50
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小菜亦蝶

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
楼主，我来插个求助，我也下了个蛋白的PDB文件，但我只需要其中的一部分，怎么定位呢？那么大一团，而我只需要找到其中的一个35个残基的一段序列，然后看看它的空间位置结构等。用chime可实现吗？谢谢
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5楼2012-12-06 08:45:43
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qingxueer

金虫 (初入文坛)
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-12-06 21:32:44
引用回帖:
5楼: Originally posted by 小菜亦蝶 at 2012-12-06 08:45:43
楼主，我来插个求助，我也下了个蛋白的PDB文件，但我只需要其中的一部分，怎么定位呢？那么大一团，而我只需要找到其中的一个35个残基的一段序列，然后看看它的空间位置结构等。用chime可实现吗？谢谢

用PYMOL软件就可以
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6楼2012-12-06 19:17:48
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小菜亦蝶

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by qingxueer at 2012-12-06 19:17:48
用PYMOL软件就可以...

谢谢啦
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7楼2012-12-06 19:48:25
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wl507586

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
8楼2012-12-07 16:38:39
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