应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 资源 » PDB数据库
81/1返回列表
查看: 1444  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

qingxueer

金虫 (初入文坛)

[交流] PDB数据库 已有4人参与

从PDB中下载的多肽结构是一个NMR结构，为什么其精氨酸中的支链胍基氮原子是不饱和的，上面少一个氢原子呢？
还有在做动力学模拟时，能不能从一个长序列的蛋白分子中截取一小段序列进行模拟呢？这一截取是否会对分子结构有影响呢？
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

小菜亦蝶

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2012-12-04 22:11:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-05 08:13:49
你看看从PDB库里面下载的文件，是不是都却氢原子呢？

反正我从那里面下载的文件，都需要根据力场，把氢原子补上的。
赞一下 回复此楼
2楼2012-12-04 22:14:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qingxueer

金虫 (初入文坛)
其他的原子都不缺，唯独这个氮原子缺少。而且NMR结构一般是质子化的，为什么这个原子就是不符合呢？
赞一下 回复此楼
3楼2012-12-04 22:24:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaozhq

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-12-06 21:32:31
引用回帖:
3楼: Originally posted by qingxueer at 2012-12-04 22:24:37
其他的原子都不缺，唯独这个氮原子缺少。而且NMR结构一般是质子化的，为什么这个原子就是不符合呢？

可能是测定的PH条件 或者解析的时候H没解出来 不必对这个这么纠结吧 按照你自己想模拟的条件去加适当的氢就好了 截取一小段显然会有影响  当然你要是可以说明影响不大 那就也可以试试 通常来说 不至于为了省这点计算量最后被人抨击吧 QM那就另算了
赞一下 回复此楼
4楼2012-12-05 12:42:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小菜亦蝶

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
楼主，我来插个求助，我也下了个蛋白的PDB文件，但我只需要其中的一部分，怎么定位呢？那么大一团，而我只需要找到其中的一个35个残基的一段序列，然后看看它的空间位置结构等。用chime可实现吗？谢谢
赞一下 回复此楼
5楼2012-12-06 08:45:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qingxueer

金虫 (初入文坛)
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-12-06 21:32:44
引用回帖:
5楼: Originally posted by 小菜亦蝶 at 2012-12-06 08:45:43
楼主，我来插个求助，我也下了个蛋白的PDB文件，但我只需要其中的一部分，怎么定位呢？那么大一团，而我只需要找到其中的一个35个残基的一段序列，然后看看它的空间位置结构等。用chime可实现吗？谢谢

用PYMOL软件就可以
赞一下 回复此楼
6楼2012-12-06 19:17:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小菜亦蝶

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by qingxueer at 2012-12-06 19:17:48
用PYMOL软件就可以...

谢谢啦
回复此楼
7楼2012-12-06 19:48:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wl507586

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
8楼2012-12-07 16:38:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 qingxueer 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭