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muyunlvyi

金虫 (小有名气)

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[求助] 求助：xplor算出的结构如何评价，如何得到已算出结构的rmsd值？

xplor算出的结构如何评价，如何得到已算出结构的rmsd值？

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1楼 2012-12-04 15:37:26

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koalabear8655

铁虫 (初入文坛)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2013-11-26 11:25:41

如果是比较少的结构，可以用其它软件来看，ＶＭＤ啊pymol应该都可以。
如果是比较多，还可以直接用xplor输入rmsd，详细方法可以参考
xplor-nih-2.33/eginput/gb1_rdc/anneal.py中的写法，我简单贴出来其中比较关键的部分，如下：
下面这段你看注释也应该清楚，就是计算和参考结构之间的rmsd。

# compare atomic Cartesian rmsd with a reference structure
#  backbone and heavy atom RMSDs will be printed in the output
#  structure files
#
from posDiffPotTools import create_PosDiffPot
refRMSD = create_PosDiffPot("refRMSD","name CA or name C or name N",
                        pdbFile='g_xray.pdb',
                        cmpSel="not name H*"

这一句是在文件的最后，用来告诉xplor输出rmsd的。
averageCrossTerms=refRMSD,

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3楼2013-11-26 11:00:01

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quarter123

新虫 (初入文坛)

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专业: 生物大分子结构与功能

【答案】应助回帖

你好，rmsd 在计算软件可以看，我一般在结构视图软件看，比如molmol，

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2楼2013-03-12 19:25:58

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