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muyunlvyi

金虫 (小有名气)

[求助] 求助:xplor算出的结构如何评价,如何得到已算出结构的rmsd值?

xplor算出的结构如何评价,如何得到已算出结构的rmsd值?
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quarter123

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

你好,rmsd 在计算软件可以看,我一般在结构视图软件看,比如molmol,
2楼2013-03-12 19:25:58
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koalabear8655

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 感谢指导! 2013-11-26 11:25:41
如果是比较少的结构,可以用其它软件来看,VMD啊pymol应该都可以。
如果是比较多,还可以直接用xplor输入rmsd,详细方法可以参考
xplor-nih-2.33/eginput/gb1_rdc/anneal.py中的写法,我简单贴出来其中比较关键的部分,如下:
下面这段你看注释也应该清楚,就是计算和参考结构之间的rmsd。

# compare atomic Cartesian rmsd with a reference structure
#  backbone and heavy atom RMSDs will be printed in the output
#  structure files
#
from posDiffPotTools import create_PosDiffPot
refRMSD = create_PosDiffPot("refRMSD","name CA or name C or name N",
                            pdbFile='g_xray.pdb',
                            cmpSel="not name H*"

这一句是在文件的最后,用来告诉xplor输出rmsd的。
averageCrossTerms=refRMSD,
3楼2013-11-26 11:00:01
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