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求助：xplor算出的结构如何评价，如何得到已算出结构的rmsd值？
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| xplor算出的结构如何评价，如何得到已算出结构的rmsd值？ |
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quarter123
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2楼2013-03-12 19:25:58
koalabear8655
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【答案】应助回帖
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月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2013-11-26 11:25:41
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2013-11-26 11:25:41
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如果是比较少的结构，可以用其它软件来看，ＶＭＤ啊pymol应该都可以。 如果是比较多，还可以直接用xplor输入rmsd，详细方法可以参考 xplor-nih-2.33/eginput/gb1_rdc/anneal.py中的写法，我简单贴出来其中比较关键的部分，如下： 下面这段你看注释也应该清楚，就是计算和参考结构之间的rmsd。 # compare atomic Cartesian rmsd with a reference structure # backbone and heavy atom RMSDs will be printed in the output # structure files # from posDiffPotTools import create_PosDiffPot refRMSD = create_PosDiffPot("refRMSD","name CA or name C or name N", pdbFile='g_xray.pdb', cmpSel="not name H*"  这一句是在文件的最后，用来告诉xplor输出rmsd的。 averageCrossTerms=refRMSD, |
3楼2013-11-26 11:00:01