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adolff金虫 (小有名气)
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[求助]
请问该晶体是否存在π-π堆积和C-H...π作用
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我近期培养了一个化合物的单晶，用platon导入它的cif文件计算该晶体的氢键、π-π堆积和C-H...π作用，得到如下结果： Analysis of Potential Hydrogen Bonds and Schemes with d(D...A) < R(D)+R(A)+0.50, d(H...A) < R(H)+R(A)-0.12 Ang., D-H...A > 100.0 Deg ==================================================================================================================================== Note: - ARU codes in [] are with reference to the Coordinates printed above (Possibly transformed, when MOVE .NE. 1.555) ==================================================================================================================================== Nr Typ Res Donor --- H....Acceptor [ ARU ] D - H H...A D...A D - H...A A..H..A* A'..H..A" Sum(XY,YZ) Sum(XZ) ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ 1 Intra 1 C(5) --H(5A) ..O(1) [ ] 0.98 2.36 2.765(7) 104 2 Intra 1 C(8) --H(8A) ..O(2) [ ] 0.93 2.54 3.430(8) 161 3 Intra 2 C(34) --H(34A) ..O(4) [ ] 0.98 2.34 2.749(7) 104 :: No Classic Hydrogen Bonds Found ==================================================================================================================================== Analysis of Short Ring-Interactions with Cg-Cg Distances < 6.0 Angstrom and Beta < 60.0Deg. ==================================================================================================================================== - Cg(I) = Plane number I (= ring number in () above) - Alpha = Dihedral Angle between Planes I and J (Deg) - Beta = Angle Cg(I)-->Cg(J) or Cg(I)-->Me vector and normal to plane I (Deg) - Gamma = Angle Cg(I)-->Cg(J) vector and normal to plane J (Deg) - Cg-Cg = Distance between ring Centroids (Ang.) - CgI_Perp = Perpendicular distance of Cg(I) on ring J (Ang.) - CgJ_Perp = Perpendicular distance of Cg(J) on ring I (Ang.) - Slippage = Distance between Cg(I) and Perpendicular Projection of Cg(J) on Ring I (Ang). - P,Q,R,S = J-Plane Parameters for Carth. Coord. (Xo, Yo, Zo) Cg(I) Res(I) Cg(J) [ ARU(J)] Cg-Cg Transformed J-Plane P, Q, R, S Alpha Beta Gamma CgI_Perp CgJ_Perp Slippage Cg(1) [ 1] -> Cg(4) [ 2646.01] 5.000(4) -0.6146 0.7759-0.1419 -1.6744 80.1(3) 14.25 86.03 -0.346(2) -4.846(3) Cg(4) [ 1] -> Cg(4) [ 2646.01] 5.051(4) -0.6146 0.7759-0.1419 -1.6744 78 17.59 79.93 0.883(3) -4.816(3) Cg(18) [ 2] -> Cg(21) [ 2655.02] 4.954(4) -0.1757 0.7480 0.6400 1.8383 84.0(3) 14.44 85.68 0.374(3) 4.798(3) Cg(21) [ 2] -> Cg(18) [ 2655.02] 5.929(4) -0.1765 0.7384 0.6509 1.7604 84.0(3) 8.30 83.95 -0.624(3) 5.867(3) Cg(21) [ 2] -> Cg(21) [ 2655.02] 4.907(4) -0.1757 0.7480 0.6400 1.8383 83 12.15 81.84 -0.696(3) 4.797(3) ---------- -------------------------------------------- Min or Max 4.907 78.22 8.30 86.03 -0.696 -4.846 [ 2646] = 1-X,-1/2+Y,1-Z [ 2655] = 1-X,1/2+Y,-Z "b " PLATON-GEOMETRY Page 124 ==================================================================================================================================== Analysis of X-H...Cg(Pi-Ring) Interactions (H..Cg < 3.0 Ang. - Gamma < 30.0 Deg) ==================================================================================================================================== X--H(I) Res(I) Cg(J) [ ARU(J)] H..Cg Transformed J-Plane P, Q, R, S H-Perp Gamma X-H..Cg X..Cg X-H,Pi C(11) -H(11A) [ 1] -> Cg(4) [ 2656.01] 2.97 -0.6146 0.7759-0.1419 4.0241 -2.95 6.63 143 3.750(7) 52 C(39) -H(39A) [ 2] -> Cg(18) [ 2645.02] 2.89 -0.1765 0.7384 0.6509 -3.6622 2.79 14.55 144 3.680(8) 59 C(40) -H(40A) [ 2] -> Cg(21) [ 2645.02] 2.83 -0.1757 0.7480 0.6400 -3.6551 2.80 8.94 143 3.619(8) 59 C(56) -H(56A) [ 2] -> Cg(5) [ 1555.01] 2.67 0.7038 0.5090 0.4956 14.8387 -2.65 6.83 151 3.543(7) 67 ---------- ---------------------------------------------- Min or Max 2.670 -2.949 6.63 151.00 3.543 67.00 [ 2656] = 1-X,1/2+Y,1-Z [ 2645] = 1-X,-1/2+Y,-Z [ 1555] = X,Y,Z 有几个问题想请教各位虫友，1）Shelxtl 显示该晶体无氢键，platon计算结果显示该化合物存在分子内氢键，没有分子间氢键，这个结果准确性如何，能否写到论文中？2）该化合物到底有没有π-π堆积作用？结果中的Cg-Cg值是不是有点偏大了？一般是满足什么标准才能算化合物存在π-π堆积作用呢？3）同样，该化合物是否存在C-H...π作用呢？ 本人在晶体方面是初学者，请各位高手多多指点，万分感谢！ |
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