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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » VASP5.3.2大内存崩溃的解决方案
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y1ding

铁杆木虫 (著名写手)

[资源] VASP5.3.2大内存崩溃的解决方案

当原子数很多时，同样体系，vasp5.2.2或者vasp4.6.38计算不出问题，vasp5.3.2计算会遇到大内存导致节点down或段错误。
原因是vasp5.3.2在第一个离子步之后，当ALGO/=ALL的情况下，会自作主张的重新生成一下WAVE，而在vasp5.2.2里是没有的。
解决办法：
（仅针对vasp5.3.2，其他版本没有测试）   
    main.F 2636行开始 把以下内容中涉及 IF (.NOT.INFO%LONESW) THEN **** ENDIF 的 注释掉!
      IF (NSTEP==1) THEN
!         IF (.NOT.INFO%LONESW) THEN
!            CALL ALLOCW(WDES,W_F,WTMP,WTMP)
!            CALL ALLOCW(WDES,W_G,WTMP,WTMP)
!            DEALLOCATE(CHAM, CHF)
!            ALLOCATE(CHAM(WDES%NB_TOT,WDES%NB_TOT,WDES%NKPTS,WDES%ISPIN), &
!              CHF (WDES%NB_TOT,WDES%NB_TOT,WDES%NKPTS,WDES%ISPIN))
!!           ! setup for scf subspace rotation
!!           INFO%LONESW=.TRUE.
!!           CALL SETUP_SUBROT_SCF(INFO,WDES,LATT_CUR,GRID,GRIDC,GRID_SOFT,SOFT_TO_C,IO%IU0,IO%IU5,IO%IU6)
!!           INFO%LONESW=.FALSE.
!         ENDIF
         CALL PEAD_ELMIN( &
          HAMILTONIAN,KINEDEN, &
          P,WDES,NONLR_S,NONL_S,W,W_F,W_G,LATT_CUR,LATT_INI, &
          T_INFO,DYN,INFO,IO,MIX,KPOINTS,SYMM,GRID,GRID_SOFT, &
          GRIDC,GRIDB,GRIDUS,C_TO_US,B_TO_C,SOFT_TO_C,E, &
          CHTOT,CHTOTL,DENCOR,CVTOT,CSTRF, &
          CDIJ,CQIJ,CRHODE,N_MIX_PAW,RHOLM,RHOLM_LAST, &
          CHDEN,SV,DOS,DOSI,CHF,CHAM,ECONV, &
          NSTEP,LMDIM,IRDMAX,NEDOS, &
          TOTEN,EFERMI,LDIMP,LMDIMP)
!         IF (.NOT.INFO%LONESW) THEN
!            CALL DEALLOCW(W_F)
!            CALL DEALLOCW(W_G)
!            DEALLOCATE(CHAM, CHF)
!            ALLOCATE(CHAM(1,1,1,1),CHF (1,1,1,1))
!         ENDIF        
      ENDIF

PEAD_ELMIN 说明：
! This subroutine is called from main.F and takes care of one or all
! of the following:
!
!  ) calculate the macroscopic dipole moment in the cell
!  ) calculate the SCF and/or non-SCF response to an electric
!    field specified through EFIELD_PEAD in the INCAR file
!  ) calculate the dielectric tensor excluding and/or
!    including local field effects

以上注释后，仅会影响如上量的计算，其它量不影响。

补充说明：
vasp5.3.2这个问题，用以往网上说的
在FFLAGS 选项的赋值中增加  -heap-arrays  64
运行的时候加 ulimit -s unlimited
换用pgi+acml
都是无法解决的。

[ Last edited by y1ding on 2012-11-30 at 21:17 ]
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1楼 2012-11-30 21:12:50
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emilyoyang

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

SF ,   not bad~~~
you can give Georg Kresse an email on this problem and your solution~~~
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2楼2012-12-01 09:19:17
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花无刺

木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

高手啊

没有vasp5.3.2

纯支持一下
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3楼2012-12-02 11:26:48
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liliangfang

荣誉版主 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

请问楼主编译5.3的时候用的是gotoblas2吗，我的gotoblas2总是编译不过去
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4楼2012-12-02 11:52:27
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y1ding

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by liliangfang at 2012-12-02 11:52:27
请问楼主编译5.3的时候用的是gotoblas2吗，我的gotoblas2总是编译不过去

openmpi ifort9.1 gotoblas2 编译
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5楼2012-12-02 22:22:23
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liliangfang

荣誉版主 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by y1ding at 2012-12-02 22:22:23
openmpi ifort9.1 gotoblas2 编译...

我昨天试了几次， gotoblas2 编译不过去，过去到vasp这步就有问题，请教你的 gotoblas2的makefile.rule。谢谢
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6楼2012-12-03 08:36:18
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y1ding

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by liliangfang at 2012-12-03 08:36:18
我昨天试了几次， gotoblas2 编译不过去，过去到vasp这步就有问题，请教你的 gotoblas2的makefile.rule。谢谢...

gotoblas是集群上管理员装的，我也拿不到makefile.rule，不好意思。
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7楼2012-12-03 21:28:06
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Physicser

木虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

高手！
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8楼2013-05-22 17:17:30
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ApolloYang

木虫 (正式写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

我尝试了vasp.5.2.11 这样的方法行不通 Bad Luck。
我的帖子 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=5873476  “VASP 计算的一个棘手的难题 ”
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9楼2013-05-22 22:19:29
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y1ding

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by ApolloYang at 2013-05-22 22:19:29
我尝试了vasp.5.2.11 这样的方法行不通 Bad Luck。
我的帖子 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=5873476  “VASP 计算的一个棘手的难题 ”

你说的问题好像和我解决的不一样。
你得问管理员给任务做了什么约束。
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10楼2013-05-23 09:52:02
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