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芳芳208

铜虫 (小有名气)

[求助] 求助:T-RFLP数据分析片段长度不匹配(差三四个bp长度)如何处理?

如题,克隆测序后酶切位点所在的片段长度与T-RFLP反馈的酶切片段长度不一样,很多都差到三四个bp,不知道能否就认为是所需要的片段,例如,我测序后找到酶切位点后的序列长度是88个bp,但是T-RFLP中有84bp处峰值很高,占的比例也很大,可以认为就是酶切位点在88bp的这种微生物吗?
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哼哼哈嘿,快使用双截棍!
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jerryzyy

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


laozuzunzhe: 金币+1, 鼓励应助! 2012-12-17 11:07:36
一般酶切片段长度小于300bp时,可以有+-2bp的误差,大于300bp的时候可以有+-3bp的误差
3楼2012-12-17 09:52:50
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yalong

木虫 (小有名气)

一般trflp的结果与实际酶切的结果都会有几个bp的误差的,好多文献都是这么写的
2楼2012-12-06 18:28:32
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