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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 如何将纳米粒子与聚合物组装起来
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农岚沐

金虫 (小有名气)

[求助] 如何将纳米粒子与聚合物组装起来

我想做添加纳米粒子的聚合物材料，目前设想的单胞很简单，就是在聚合物的中央添加一个半径为30埃的二氧化硅粒子，聚合物中央也已经相应挖空了。请问如何将他们组装起来？
或者说我的这个思路就不对？望高人指点！

粒子填充.jpg
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我听不清，你大声点。
1楼 2012-11-29 21:20:21
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-11-30 09:13:53
把两个都保存成PDB格式的文件
直接把其中的一个pdb里的内容复制粘贴到另一个pdb文件的后面，
用VMD 打开，使用moveby 命令，可以调节二者的相对位置。
当二者的位置调节好之后，再使用
writepdb 命令，输出正确格式的PDB 文件。
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2楼2012-11-29 23:09:33
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农岚沐

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-11-29 23:09:33
把两个都保存成PDB格式的文件
直接把其中的一个pdb里的内容复制粘贴到另一个pdb文件的后面，
用VMD 打开，使用moveby 命令，可以调节二者的相对位置。
当二者的位置调节好之后，再使用
writepdb 命令，输出正确 ...

得安装VMD吧？那太不方便了啊。
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我听不清，你大声点。
3楼2012-11-30 08:41:36
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农岚沐

金虫 (小有名气)
我发现用AC来建模的时候，CPU总是只有一个核在转。我的笔记本是双核的，WIN7 32位，连着网，最多占用50%。另外有一台WIN7 64位的，I7处理器，8核，最多占用13%，就是八分之一。但是如果我在笔记本上运行Forcite的话，就可以在Job Control 里设置双核一起跑，而且接近百分百。
请问各位高人，怎么让AC模块也能百分百跑起来？
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我听不清，你大声点。
4楼2012-11-30 08:45:33
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农岚沐

金虫 (小有名气)
我试过直接将1个纳米粒子与80条聚合物单链进行封装，但是都是运行了一段时间之后出现failure，只能得到一个密度严重偏低的大盒子，边长大了接近四倍。也找不出问题到底出在哪里。望指点迷津！
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我听不清，你大声点。
5楼2012-11-30 10:10:19
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jolly1987

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-11-30 15:39:25
引用回帖:
4楼: Originally posted by 农岚沐 at 2012-11-30 08:45:33
我发现用AC来建模的时候，CPU总是只有一个核在转。我的笔记本是双核的，WIN7 32位，连着网，最多占用50%。另外有一台WIN7 64位的，I7处理器，8核，最多占用13%，就是八分之一。但是如果我在笔记本上运行Forcite的话 ...

你的MS版本是多少？AC好像是基于Discover的动力学模块，你试着在Discover/setup里调整Job Control试试
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6楼2012-11-30 10:42:30
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jolly1987

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-12-02 10:12:20
直接将二氧化硅粒子复制，粘贴到右边聚合物晶格里，调整二氧化硅的位置到你挖的空里应该就可以了，然后运行一下结构优化
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7楼2012-11-30 10:45:02
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jolly1987

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 农岚沐 at 2012-11-30 10:10:19
我试过直接将1个纳米粒子与80条聚合物单链进行封装，但是都是运行了一段时间之后出现failure，只能得到一个密度严重偏低的大盒子，边长大了接近四倍。也找不出问题到底出在哪里。望指点迷津！

有运行前后的图吗？用的什么系宗？
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8楼2012-11-30 10:46:26
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农岚沐

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by jolly1987 at 2012-11-30 10:46:26
有运行前后的图吗？用的什么系宗？...

AC里面好像还没涉及到系综的选择吧？请细细指教。

当前的大盒子，边长472，如果封装完成的话，应该只有90.48，

粒子.jpg
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我听不清，你大声点。
9楼2012-11-30 11:09:16
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农岚沐

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by jolly1987 at 2012-11-30 10:45:02
直接将二氧化硅粒子复制，粘贴到右边聚合物晶格里，调整二氧化硅的位置到你挖的空里应该就可以了，然后运行一下结构优化

我试了，可以放进去。只是还有个很严肃的问题：我怎么保证我的粒子跟挖出的空心重合在一起？如果只靠鼠标拖动的话，就算真的做到了，也不能让人信服啊。
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我听不清，你大声点。
10楼2012-11-30 11:44:25
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