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过渡态
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 在用高斯找过渡态时，这种前驱复合物结构是如何得到的。希望这方面的高手给点指导，万分感谢！ |
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xyz7819227
木虫 (正式写手)
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2楼2012-11-28 20:19:25
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我的过渡态找到了，根据文献他有氢键复合物存在，但是我不知道氢键复合物的结构怎么获得。希望你能给点意见啊，万分感谢！ ts-3.out(408.89KB) http://kuai.xunlei.com/d/GBDHQPLLRYZF?p=130497 irc.out(935.17KB) http://kuai.xunlei.com/d/GPPYDDVFDMHV?p=130497 |
3楼2012-11-29 09:04:26
lxhlxh052c
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【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
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楼主我看你的输出文件里面又是羟基又是F的，体系中的氢键作用应该挺明显的。就那个F代的分子自身来说就能形成分子内的氢键（可能是五元或者六元环的结构）。当然分子间的氢键也能形成的，结构应该多种多样~ 你用的是羟基自由基与这个分子作用吧，那么羟基自由基上的H也是有可能和F作用形成氢键的。如果你在羟基自由基与羟基作用那找到过渡态，也跑了IRC那看看的IRC末态优化出来是啥样的吧，关键看看主反应键的键长是在氢键的范围还是在经典的化学成键范围。我觉得这个反应就是形成氢键的反应。难道还有自由基的传递吗？ 我说的这些都是从基本的有机化学角度考虑的，希望对你有点帮助。 |
4楼2012-11-29 09:53:18
xy00083789
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- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
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1. 楼主，我把你的out文件下载下来之后，简单的得到了fchk文件，通过弱作用分析（ Journal of the American Chemical Society 132(18): 6498-6506.），三维ELF函数分析，发现体系中，根本就不存在氢键，我的邮箱是zhongyue.yang@yahoo.cn 你给我发个邮件，我把那些数据给你，你就知道啦。 2. 另外，我提到的那些分析方法，是从sobereva老师的帖子学到的，建议你关注一下这个博客http://hi.baidu.com/new/sobereva?page=12 3.Mutiwfn软件，建议你关注 |
5楼2012-12-01 20:21:00