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yinghuayu

银虫 (小有名气)

[求助] 华大基因做的mRNA表达谱分析结题报告分析

看到一个在华大基因做的mRNA表达谱分析报告,其中有一个测序质量评估,没看懂这是什么意思?有木有给分析下,containing Aadaptor、containing N、Low quality和clean Reads是什么意思?

截图.jpg



[ 来自科研家族 生物医药家族 ]
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lufuhao

木虫 (著名写手)

极品木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-11-28 13:40:51
yinghuayu: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-11-29 12:04:42
这应该是Read处理后的质量评估
containing Aadaptor是处理后依然含有接头或者标签序列的read
containing N是含有未知核苷酸的read
Low quality是测序碱基峰值小于某个阈值的read
clean Reads是比较干净,测序较好的read
将心比心
2楼2012-11-28 01:41:57
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yinghuayu

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lufuhao at 2012-11-28 01:41:57
这应该是Read处理后的质量评估
containing Aadaptor是处理后依然含有接头或者标签序列的read
containing N是含有未知核苷酸的read
Low quality是测序碱基峰值小于某个阈值的read
clean Reads是比较干净,测序较 ...

很详细,谢谢!
心有多大舞台就有多大
3楼2012-11-29 12:04:54
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yinghuayu

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lufuhao at 2012-11-28 01:41:57
这应该是Read处理后的质量评估
containing Aadaptor是处理后依然含有接头或者标签序列的read
containing N是含有未知核苷酸的read
Low quality是测序碱基峰值小于某个阈值的read
clean Reads是比较干净,测序较 ...

您能给我讲解下么?从这4个方面如何看出RNA测序质量好与不好?,这个报告里面还有一个基因覆盖度的统计,给出了不同基因所占的比例,这又能说明什么呢?

1基因覆盖度统计.jpg

心有多大舞台就有多大
4楼2012-11-29 15:38:40
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fit3525

新虫 (初入文坛)

你做转录组分析啊?
5楼2012-12-04 10:12:40
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yinghuayu

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by fit3525 at 2012-12-04 10:12:40
你做转录组分析啊?

没~看到一篇文献,研究下~
心有多大舞台就有多大
6楼2012-12-04 22:48:15
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引用回帖:
2楼: Originally posted by lufuhao at 2012-11-28 01:41:57
这应该是Read处理后的质量评估
containing Aadaptor是处理后依然含有接头或者标签序列的read
containing N是含有未知核苷酸的read
Low quality是测序碱基峰值小于某个阈值的read
clean Reads是比较干净,测序较 ...

7楼2016-01-05 19:36:16
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carl_taijun

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yinghuayu at 2012-11-29 15:38:40
您能给我讲解下么?从这4个方面如何看出RNA测序质量好与不好?,这个报告里面还有一个基因覆盖度的统计,给出了不同基因所占的比例,这又能说明什么呢?

1基因覆盖度统计.jpg
...

你的这个问题问的很偏,如何评价测得好不好。从数据结果分析读取上,4项的指标都是结果好不好的指标。尤其后面两个低可信度序列比例很低。高准确度数据采集比例很高。就是说测得好啊~~
第二个饼型图里~~这个就是不同基因丰度的基因的占比的一个相对的比例关系~~这个当然和测序深度有关。

发自小木虫IOS客户端
8楼2016-01-07 01:59:58
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