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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 华大基因做的mRNA表达谱分析结题报告分析
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yinghuayu

银虫 (小有名气)

[求助] 华大基因做的mRNA表达谱分析结题报告分析

看到一个在华大基因做的mRNA表达谱分析报告，其中有一个测序质量评估，没看懂这是什么意思？有木有给分析下，containing Aadaptor、containing N、Low quality和clean Reads是什么意思？

截图.jpg



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心有多大舞台就有多大
1楼 2012-11-28 00:06:10
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fit3525

新虫 (初入文坛)
你做转录组分析啊？
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5楼2012-12-04 10:12:40
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查看全部 8 个回答

lufuhao

木虫 (著名写手)

极品木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2012-11-28 13:40:51
yinghuayu: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-11-29 12:04:42
这应该是Read处理后的质量评估
containing Aadaptor是处理后依然含有接头或者标签序列的read
containing N是含有未知核苷酸的read
Low quality是测序碱基峰值小于某个阈值的read
clean Reads是比较干净，测序较好的read
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将心比心
2楼2012-11-28 01:41:57
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yinghuayu

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lufuhao at 2012-11-28 01:41:57
这应该是Read处理后的质量评估
containing Aadaptor是处理后依然含有接头或者标签序列的read
containing N是含有未知核苷酸的read
Low quality是测序碱基峰值小于某个阈值的read
clean Reads是比较干净，测序较 ...

很详细，谢谢！
回复此楼
心有多大舞台就有多大
3楼2012-11-29 12:04:54
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yinghuayu

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lufuhao at 2012-11-28 01:41:57
这应该是Read处理后的质量评估
containing Aadaptor是处理后依然含有接头或者标签序列的read
containing N是含有未知核苷酸的read
Low quality是测序碱基峰值小于某个阈值的read
clean Reads是比较干净，测序较 ...

您能给我讲解下么？从这4个方面如何看出RNA测序质量好与不好？，这个报告里面还有一个基因覆盖度的统计，给出了不同基因所占的比例，这又能说明什么呢？

1基因覆盖度统计.jpg
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心有多大舞台就有多大
4楼2012-11-29 15:38:40
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