| 查看: 2014 | 回复: 1 | ||
[求助]
本地数据库无法用makeblastdb格式化
|
|
从hmpdacc下载了一个蛋白数据库 fasta格式的 但里面有重复序列 运行makeblastdb时会报错 文件比较大 在全部读进内存之前就会死机 手动改不了 不知有没有给本地数据库去冗余的perl模块或程序包 望高手指点 |
回复此楼» 猜你喜欢
恳请有学校收留
已经有6人回复
-
求调剂推荐
已经有8人回复
-
0854求调剂
已经有14人回复
-
300求调剂
已经有9人回复
-
291求调剂
已经有7人回复
-
289 分105500药学专硕求调剂(找B区学校)
已经有4人回复
-
初试324 中药学 一志愿天中医 求调剂
已经有3人回复
-
药学求调剂
已经有14人回复
-
327求调剂
已经有27人回复
-
急需调剂
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
wizardfan
至尊木虫 (著名写手)
- 应助: 599 (博士)
- 贵宾: 1.818
- 金币: 24632.2
- 散金: 197
- 红花: 48
- 沙发: 2
- 帖子: 2254
- 在线: 400.7小时
- 虫号: 1879241
- 注册: 2012-07-05
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
ldy2140: 金币+5, ★有帮助, Thanks a lot. This problem has been solved by rebuilding the database from other source. 2013-06-25 15:07:17
ldy2140: 金币+5, ★有帮助, Thanks a lot. This problem has been solved by rebuilding the database from other source. 2013-06-25 15:07:17
|
a quick hash in perl will do the job. When you open a filehandle in Perl, little memory is used. then while( |
2楼2013-02-06 19:26:24
20