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倩430

铁虫 (小有名气)

[求助] amber secstruct命令计算蛋白二级结构后该怎么做呀

我用amber中secstruct命令计算了蛋白在模拟过程中二级结构随时间的的变化。成功的得到两个文件。其中一个.sum文件内容如下
#ResNum 3-10-Helix alpha-helix PI-Helix parallel-Sheet antip.-Sheet Turn
1 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
2 0.008795 0.000000 0.000000 0.617112 1.012885 1.421850
3 0.010261 0.000000 0.000000 0.546752 0.917606 4.050073
4 0.017590 0.001466 0.000000 0.595125 1.036338 4.011961
5 0.024919 0.002932 0.000000 0.530628 1.049530 3.904956
另外的一个文件部分内容如下显示的是
#time residue 1 residue 2 residue 3 residue 4
      0.00 0 0 0 0 0 B B B B B 0 0 0 0 B B B
      1.00 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T b 0
      2.00 0 b 0 0 0 b 0 0 0 0 T T T T 0 0 0
      3.00 0 0 0 b 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
      4.00 0 0 0 0 0 0 0 B 0 0 0 0 0 0 0 B 0
      5.00 0 0 0 0 B b 0 0 0 0 0 0 0 0 B T T
      6.00 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T T
请问如果根据这两个文件做出像文献中那样显示蛋白二级结构随时间的变化,麻烦您详细讲解,跪谢
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yulilan

金虫 (初入文坛)

我也是才刚接触分子模拟的。还没有做到那么深。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
我所需要的是科研精神。。。
2楼2012-11-28 23:29:53
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倩430

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yulilan at 2012-11-28 23:29:53
我也是才刚接触分子模拟的。还没有做到那么深。

不深,随便试试
3楼2012-11-30 08:49:44
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