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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » NICS计算中的一些问题，急求帮助
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LinaInverse

木虫 (小有名气)

[求助] NICS计算中的一些问题，急求帮助

rt，NICS一般是计算环中心和环中心垂直方向上1A的鬼原子的化学位移屏蔽值，问题是实际画图中很多五元环和七元环的中心如何界定。其实即使是在六元环中，因为不全等边性，确定其几何中心也往往不是那么随便.
另：对于本身具有顺磁性的物种进行NICS计算是否有其意义

求大侠解答，顺带附上例图一张

1.jpg

[ Last edited by LinaInverse on 2012-11-25 at 13:15 ]
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秀逗魔导师
1楼 2012-11-25 12:10:11
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+2 2012-11-26 08:53:30
LinaInverse: 金币+7 2012-11-27 00:20:09
如何取NICS中心本身就有随意性。几何中心、质心，以及AIM的环临界点都可以当中心，文中写清楚就行。顶多定量上有一点差别，不至于影响定性结果。
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2楼2012-11-26 03:00:24
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LinaInverse

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sobereva at 2012-11-26 03:00:24
如何取NICS中心本身就有随意性。几何中心、质心，以及AIM的环临界点都可以当中心，文中写清楚就行。顶多定量上有一点差别，不至于影响定性结果。

求问几何中心，质心如何确定，有现成的软件么？
比如给出的图，不规则五边形，这种情况如何找质心和几何中心
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秀逗魔导师
3楼2012-11-26 17:14:59
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
引用回帖:
3楼: Originally posted by LinaInverse at 2012-11-26 17:14:59
求问几何中心，质心如何确定，有现成的软件么？
比如给出的图，不规则五边形，这种情况如何找质心和几何中心...

比如有10个原子，x方向的几何中心就是它们的x坐标的平均值。x方向质心就是它们的x坐标乘上相应原子质量的平均值，然后再除以分子总质量。不用现成软件，不熟悉编程的话拿excel都能轻易算出来。
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4楼2012-11-26 19:09:58
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
顺带一提，在Multiwfn 2.6版当中有个小功能专门用来算质心和几何中心。
启动Multiwfn后输入文件名，文件类型可以是pdb、xyz等等含有分子结构信息的格式。之后选100，再选21。假设你的五元环上的原子的序号是2,4,5,6,1，那么就输入2,4,5,6,1即可，质心和几何中心立刻会输出出来。
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5楼2012-11-26 23:02:24
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LinaInverse

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sobereva at 2012-11-26 19:09:58
比如有10个原子，x方向的几何中心就是它们的x坐标的平均值。x方向质心就是它们的x坐标乘上相应原子质量的平均值，然后再除以分子总质量。不用现成软件，不熟悉编程的话拿excel都能轻易算出来。...

简单易行的方法，lx我也看了，找机会实验一下
接金币
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秀逗魔导师
6楼2012-11-27 00:20:04
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伊风yfh

新虫 (初入文坛)
用Chemcraft软件可以。先选中环上的原子插入虚原子insert dummy atoms，然后把虚原子放在中心traslate atoms coordinate 。
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7楼2015-08-14 10:22:48
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伊风yfh

新虫 (初入文坛)
导入Chemcraft的是log文件。。。
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8楼2015-08-14 10:24:01
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??菲

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sobereva at 2012-11-26 19:09:58
比如有10个原子，x方向的几何中心就是它们的x坐标的平均值。x方向质心就是它们的x坐标乘上相应原子质量的平均值，然后再除以分子总质量。不用现成软件，不熟悉编程的话拿excel都能轻易算出来。...

请问可以具体问一下这个算Bq坐标的方法吗

发自小木虫Android客户端
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9楼2019-03-25 16:29:08
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