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xufund

至尊木虫 (知名作家)

应助: 4 (幼儿园)
金币: 18237.5
散金: 20
红花: 5
帖子: 6734
在线: 811.7小时
虫号: 311488
注册: 2006-12-30
专业: 合成药物化学

[求助] 求推荐创建pdbqt、gpf文件的在线工具

坛子里推荐的这个：
Opal Dashboard：http://ws.nbcr.net/opal2/GetServicesList.do
简介：一大批软件的在线计算工具，包括MEME（搜索一组DNA/蛋白序列中的基序），APBS（解PB方程得到静电势分布、溶解自由能），PDB2PQR（往pdb格式中添加原子半径信息，转为apbs等软件所需的pqr文件），Prepare receptor/GPF（创建pdbqt、GPF文件），Autogrid（计算autodock所需的格点文件），Autodock（分子对接），FIMO，GLAM2，GLAM，GOMO

现在打不开啊

求推荐其它在线工具

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1楼 2012-11-23 20:21:09

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xufund

至尊木虫 (知名作家)

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专业: 合成药物化学

我想可能还是准备文件的问题。照坛子里中文翻译手册准备大分子pdbqt文件时，到加氢那一步老是提示有几个氨基酸残基不能加氢，再往下就和翻译手册里的说明不一样了。
我在准备大分子PDB文件时也按照坛子里的指示，用chimera处理的，反反复复看了好几次，把球棍模型显示的小分子都删掉了。难道是因为我的蛋白是二聚体，不能删掉另一半？