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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求推荐创建pdbqt、gpf文件的在线工具
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xufund

至尊木虫 (知名作家)

[求助] 求推荐创建pdbqt、gpf文件的在线工具

坛子里推荐的这个：
Opal Dashboard：http://ws.nbcr.net/opal2/GetServicesList.do
简介：一大批软件的在线计算工具，包括MEME（搜索一组DNA/蛋白序列中的基序），APBS（解PB方程得到静电势分布、溶解自由 能），PDB2PQR（往pdb格式中添加原子半径信息，转为apbs等软件所需的pqr文件），Prepare receptor/GPF（创建pdbqt、GPF文件），Autogrid（计算autodock所需的格点文件），Autodock（分子对 接），FIMO，GLAM2，GLAM，GOMO

现在打不开啊
求推荐其它在线工具
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1楼 2012-11-23 20:21:09
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-25 18:55:40
不用在线吧~你要是只要生成pdbqt和gpf用Autodock tools不就可以了？
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2楼2012-11-24 10:20:52
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xufund

至尊木虫 (知名作家)
关键是俺照坛子里的步骤制作的这些个文件都不能用。一运行就报错，也不知问题出在哪里
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3楼2012-11-25 12:57:45
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-25 18:55:51
引用回帖:
3楼: Originally posted by xufund at 2012-11-25 12:57:45
关键是俺照坛子里的步骤制作的这些个文件都不能用。一运行就报错，也不知问题出在哪里

那应该不是你这些文件的问题，而是运行途径和程序所在途径设置的问题，或者是安装python版本和MGLTools版本不匹配等导致的问题，资源帖里貌似有个教程翻译的中文版，你看看有木有用~~~
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4楼2012-11-25 13:36:26
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xufund

至尊木虫 (知名作家)
我想可能还是准备文件的问题。照坛子里中文翻译手册准备大分子pdbqt文件时，到加氢那一步老是提示有几个氨基酸残基不能加氢，再往下就和翻译手册里的说明不一样了。
我在准备大分子PDB文件时也按照坛子里的指示，用chimera处理的，反反复复看了好几次，把球棍模型显示的小分子都删掉了。难道是因为我的蛋白是二聚体，不能删掉另一半？
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5楼2012-11-27 22:57:25
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