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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 同源建模时怎样计算一致性和相似性
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patent

至尊木虫 (正式写手)

[求助] 同源建模时怎样计算一致性和相似性

同源建模时将蛋白质的氨基酸进行比对，请问怎样计算一致性和相似性？具体的数值(如20%)是怎样得到的？谢谢!!
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1楼 2012-11-22 22:08:28
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
引用回帖:
4楼: Originally posted by patent at 2012-11-23 08:07:11
Score =   206 bits (525),  Expect = 6e-68, Method: Compositional matrix adjust.
Identities = 101/154 (66%), Positives = 120/154 (78%), Gaps = 0/154 (0%)

blast后有如上结果，请问Positives = 120/1 ...

是的！哈哈~~~
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5楼2012-11-23 08:19:32
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
patent: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 谢谢!!! 2012-11-23 16:05:45
blast一下两者的氨基酸序列就可以了~
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2楼2012-11-22 22:10:24
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patent

至尊木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-11-22 22:10:24
blast一下两者的氨基酸序列就可以了~

有什么软件可以计算吗
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3楼2012-11-23 07:52:59
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patent

至尊木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by patent at 2012-11-23 07:52:59
有什么软件可以计算吗...

Score =   206 bits (525),  Expect = 6e-68, Method: Compositional matrix adjust.
Identities = 101/154 (66%), Positives = 120/154 (78%), Gaps = 0/154 (0%)

blast后有如上结果，请问Positives = 120/154 (78%)是指相似性吗？
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4楼2012-11-23 08:07:11
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