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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS并行计算的问题（cpu——time关系）
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lbh_xt

新虫 (小有名气)

[求助] LAMMPS并行计算的问题（cpu——time关系）

刚买了个服务器，6核4线程的，安装好并行版lammps后运行如下：
mpirun -np 1 ./lmp mpirun -np 2 ./lmp mpirun -np 3 ./lmp ...
我们进行了测试了time  —— cpu的数目关系，如上传图片


（1）怎么发现24个cpu全用上，计算所用的时间和2个cpu 的一样，这是什么原因啊。
（2）随着cpu从1到24变化，时间time会出现波动，一会大一会小的。测试结果是随机的还是差不多都一样呢？请问正常的情况应该是什么样子呢？
（3）有朋友说是因为体系大小的原因，请问一下用过lammps并行版的牛人们，你们是怎么测试和分配的呢？
（4）有没有好的软件专门进行并行测试的？（我感觉是不是因为计算机并行没有装好）

cpu-time.jpg
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安静
1楼 2012-11-19 18:55:13
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043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-11-20 09:53:31
lbh_xt: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢高手指点哈 2012-11-21 13:49:03
对于科学计算来说多线程用不着，要关闭掉。
另外你的时间单位是什么？
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2楼2012-11-20 08:55:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lbh_xt

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 043114076 at 2012-11-20 08:55:31
对于科学计算来说多线程用不着，要关闭掉。
另外你的时间单位是什么？

单位是秒，我只是写了个小程序用并行版的测试一下。

我不是很懂这些，请问多线程不是也有那么多cpu吗，我的同学的服务器也是这个样子的，如果不用多线程的话，那么就只能有六个核算了嘛？
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安静
3楼2012-11-20 09:41:19
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-11-20 22:00:26
lbh_xt: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢高手指点 2012-11-21 13:46:56
写个小程序就想比较计算速度，有点儿不太合适吧。
如果你一个体系很小的体系，用太多的CPU，反而浪费很多时间在信息的传递上，
并行计算的优势是大体系分块算。
我也坐过类似的测试：
赞一下 回复此楼
4楼2012-11-20 09:57:56
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043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-20 22:00:34
lbh_xt: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢高手指点 2012-11-21 13:46:42
引用回帖:
3楼: Originally posted by lbh_xt at 2012-11-20 09:41:19
单位是秒，我只是写了个小程序用并行版的测试一下。

我不是很懂这些，请问多线程不是也有那么多cpu吗，我的同学的服务器也是这个样子的，如果不用多线程的话，那么就只能有六个核算了嘛？...

参考这个回帖
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2309639&page=1#pid1464069
你的测试样本确实太小了。
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5楼2012-11-20 14:24:39
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风间的记忆

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-11-20 22:00:42
lbh_xt: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢高手指点 2012-11-21 13:46:23
如上所言
的确和测试样本大小有关
而且超线程必须关掉
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九州浩淼，任其东西，明日何在，但随我意。
6楼2012-11-20 15:31:56
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lbh_xt

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-11-20 09:57:56
写个小程序就想比较计算速度，有点儿不太合适吧。
如果你一个体系很小的体系，用太多的CPU，反而浪费很多时间在信息的传递上，
并行计算的优势是大体系分块算。
我也坐过类似的测试：4b/86/1108016_1353376719_4 ...

我算了下例子中的原子数差不多有5120个，请问我该用多大的体系去评估他的效率呢？
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安静
7楼2012-11-21 13:41:24
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lbh_xt

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 风间的记忆 at 2012-11-20 15:31:56
如上所言
的确和测试样本大小有关
而且超线程必须关掉

请问怎么关掉多余的超线程啊，如果这样的话，那多线程岂不是多余了？
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安静
8楼2012-11-21 13:47:50
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风间的记忆

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-11-23 12:53:17
引用回帖:
8楼: Originally posted by lbh_xt at 2012-11-21 13:47:50
请问怎么关掉多余的超线程啊，如果这样的话，那多线程岂不是多余了？...

超线程在BIOS里关
超线程对于CPU利用低的程序是适合的
但科学计算一般CPU都要用满的
所以不适合
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yaozhq
九州浩淼，任其东西，明日何在，但随我意。
9楼2012-11-21 14:03:37
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-11-23 12:53:23
引用回帖:
7楼: Originally posted by lbh_xt at 2012-11-21 13:41:24
我算了下例子中的原子数差不多有5120个，请问我该用多大的体系去评估他的效率呢？...

我测试的模拟体系大约有20万个原子，你的模拟体系太小了
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10楼2012-11-21 14:10:40
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