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niuhuang5916

铜虫 (初入文坛)

[求助] 这个图如何做的?

做GWAS分析,图上边和左边的是Pairwise phenotypic correlations between traits.Here the three PCs were added to the results of  the  PCA. 请问PCs和PCA 是什么?这个相关是做什么用的?为什么一定要做这个correlation 呢?用那个软件可以做出来这个图?还请各位指点一下
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niuhuang5916

铜虫 (初入文坛)

请看此图!

222222.jpg

2楼2012-11-15 11:18:21
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黑藻先生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
没有做过这方面的研究

不过记得看过一篇有关SECTOR方法的 类似的图
这种图应该是说明相关性的 就是横轴和纵轴交点表示的是其相关性(或者什么别的,你得看具体文献说的)
后边的那个条就是个颜色表示 貌似会有个值 有的是值越高越相关 有的是值越低越相关

具体我也不会分析 毕竟不做这个 不过我觉得你这个图分布比较好
软件应该文献中都会给出
一般都是通过算法编程编的=。=b
3楼2012-11-15 14:22:36
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niuhuang5916

铜虫 (初入文坛)

送鲜花一朵
嗯 谢谢了,您说的不错,这就是关联性状间的相关性分析。图是不错 但是不知道怎么分析呀,还请那位做过这方面的指教一下!
4楼2012-11-18 19:36:26
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

PCA是princliple component analysis,就是一组数据和多个变量相关,找出最能解释这组数据的几个变量。如果不知道上下文的情况下,我会猜PC = principle component,就是PCA中最重要的3个变量。
图看上去可能是自己编程画出来的。
5楼2012-11-19 08:26:46
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niuhuang5916

铜虫 (初入文坛)

谢谢wizardfan,您说的很对。文中use principal component analysis (PCA) of the phenotypes to extract non-redundant information,PCA places the  original  phenotypes into  an  equal  number  of  orthogonal categories. PCs, each defined as a specific linear combination of the original phenotypes.以上英文有些不懂!还请您指教。另外还是不懂 这个图用什么软件能编程,然后做出来呢?在这里他有什么意义呢?
6楼2012-11-19 11:53:05
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黑藻先生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

参考这篇文献吧 Protein Sectors Evolutionary Units of three-dimensional structure   CELL上的
虽然内容不相干但是软件的话.......
7楼2012-11-19 15:20:48
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niuhuang5916

铜虫 (初入文坛)

谢谢您,我试一下
8楼2012-11-20 11:02:20
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bzhmcys

新虫 (初入文坛)

lz,我也想做Gwas,目前不太懂,咨询你一下啊,要是做的话都需要什么条件,用到的分析软件有哪些?
9楼2014-11-24 09:32:25
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