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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » vasp计算NEB时，算到第27步，自动停了，高人帮我看看怎么回事？
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rainxin2008

新虫 (小有名气)

[求助] vasp计算NEB时，算到第27步，自动停了，高人帮我看看怎么回事？

27 F= -.28725780E+04 E0= -.28724421E+04  d E =-.644398E-03
BRION: g(F)=  0.228E-02 g(S)=  0.000E+00 retain N=  3 mean eig= 2.30
eig:   5.761  0.446  0.700
bond charge predicted
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image              PC                Routine            Line        Source            
libmkl_mc3.so      00002AAAAE3CCD71  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image              PC                Routine            Line        Source            
libmkl_mc3.so      00002AAAAE3D4D9F  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image              PC                Routine            Line        Source            
libmkl_mc3.so      00002AAAAE3D4DEF  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image              PC                Routine            Line        Source            
libmkl_mc3.so      00002AAAAE3DCD7E  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image              PC                Routine            Line        Source            
libmkl_mc3.so      00002AAAAE3CCFC0  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image              PC                Routine            Line        Source            
libmkl_mc3.so      00002AAAB0A4AEDE  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image              PC                Routine            Line        Source            
libmkl_mc3.so      00002AAAAE3E4D93  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: error (69): process interrupted (SIGINT)
Image              PC                Routine            Line        Source            
libpthread.so.0    000000373380D5C9  Unknown               Unknown  Unknown
libibverbs.so.1    000000313F6071CF  Unknown               Unknown  Unknown
vasp4_climb.mvapi  00000000006E63D3  Unknown               Unknown  Unknown
libpthread.so.0    00000037338064A7  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003732CD3C2D  Unknown               Unknown  Unknown
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1楼 2012-11-14 14:13:35
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emilyoyang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
rainxin2008: 金币+10, ★有帮助 2012-11-14 14:50:31
liliangfang: 金币+2, 应助指数+1, 谢谢交流 2012-11-17 09:52:59
上面看不出来什么原因。但行到27步然后停了，应该是内存不足造成的。
解决方法:增加计算核数，比如原来32个核改成64核 或者 较少images数
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2楼2012-11-14 14:39:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rainxin2008

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by emilyoyang at 2012-11-14 14:39:43
上面看不出来什么原因。但行到27步然后停了，应该是内存不足造成的。
解决方法:增加计算核数，比如原来32个核改成64核 或者 较少images数

谢谢你的帮助！我的images不能改，我用的是128个核。内存不足怎么解决？
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3楼2012-11-14 14:50:17
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hakuna

木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-11-17 09:53:05
自杀了，呵呵
1.检查一下每个image的初结构及其变化情况，看看有没有异常，如果那个初始结构异常了，手动改一下，中间出现异常，就把异常前的结构拷贝到POSCAR里，重开始....
2.表面上看是mkl库的问题，检查一下你编译时mkl的设置看看....
你搞了多少个image啊，竟然要用那么多核芯，找个鞍点有点大动干戈了（穷人观点）
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4楼2012-11-14 15:27:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rainxin2008

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hakuna at 2012-11-14 15:27:03
自杀了，呵呵
1.检查一下每个image的初结构及其变化情况，看看有没有异常，如果那个初始结构异常了，手动改一下，中间出现异常，就把异常前的结构拷贝到POSCAR里，重开始....
2.表面上看是mkl库的问题，检查一下你 ...

8个Image，也不算多啊，用128个还要花很长时间呢，不容易啊。结构应该没有问题，我之前算过的，现在把01到08文件夹的CONTCAR改成POSCAR重算呢，到现在为止还没在正常着。
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5楼2012-11-14 18:12:37
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emilyoyang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
rainxin2008: 金币+10, ★有帮助 2012-11-14 22:40:47
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-11-17 09:53:11
引用回帖:
3楼: Originally posted by rainxin2008 at 2012-11-14 14:50:17
谢谢你的帮助！我的images不能改，我用的是128个核。内存不足怎么解决？...

8个images 128核内存应该够的啊     你体系的原子数多少个
或者 你先把精度调低点（EDIFF EDIFFG）看看能不能正常运行
你先少点images 收敛后 再逐渐增加不行吗
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6楼2012-11-14 18:20:53
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rainxin2008

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by emilyoyang at 2012-11-14 18:20:53
8个images 128核内存应该够的啊     你体系的原子数多少个
或者 你先把精度调低点（EDIFF EDIFFG）看看能不能正常运行
你先少点images 收敛后 再逐渐增加不行吗...

谢谢了，我现在重算一直正常着，什么都没改，不知道什么原因
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7楼2012-11-14 22:40:33
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梦里花

新虫 (初入文坛)
这种情况我也遇到过，但重算就好好的，弄不清怎么回事
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8楼2012-11-15 16:02:44
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