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luckyzly

铁虫 (初入文坛)

[求助] 想看一个分子与水和二氧化碳哪个结合更容易，应该计算那些情况

我只想简单的比较能量就行，不知道计算吉布斯自由能能解决这个问题么？
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1楼 2012-11-07 20:43:08
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

1、你要再仔细查看一下分子体系，看一看虽然不能成键，是否可以存在分子间的氢键之类。如果有，则体系按照氢键来计算，选择合适的方法和基组，进行优化即可。如：
b97d/6-311++g**  opt
通常是会找到这种氢键的。

2、如果竟找不到可能的氢键，完全是范德华力，范德华作用能通常只有正常成键结合能的1%，而且是长程作用，6-31g*基组远不够用，计算方法上要求更高。100个原子不易算。还是建议先尽可能简化体系作模拟计算。准确的模拟计算，比起谈不上准确的全体系计算，前者提供的信息要可用得多！
通常在感觉上似乎算全体系放心。但对这种范德华作用，全体系采用的方法、基组都不够用时，计算会将体系完全拉开，根本看不到吸附，看不到范德华作用。
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10楼2012-11-09 15:28:23
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Joannaouc

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
cenwanglai: 金币+2, 来了哈~ 2012-11-08 13:10:44
luckyzly: 金币+1 2012-11-19 12:58:24
这个就是简单的计算下结合能就行了，不用做频率分析得到gibbs等
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2楼2012-11-08 12:47:36
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luckyzly

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Joannaouc at 2012-11-08 12:47:36
这个就是简单的计算下结合能就行了，不用做频率分析得到gibbs等

如何计算呢？加入什么关键字呢？
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3楼2012-11-08 12:50:27
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luckyzly

铁虫 (初入文坛)
cenwanglai: 浣犳�庝箞纭畾�?槸�?搁檮鍛紵H2O+CO2涓?鏄⒊閰稿?楋紵 2012-11-08 13:11:27
引用回帖:
2楼: Originally posted by Joannaouc at 2012-11-08 12:47:36
这个就是简单的计算下结合能就行了，不用做频率分析得到gibbs等

其实两个之间只是吸附的关系，不是真正的结合，也可以比较么？
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4楼2012-11-08 12:51:09
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
cenwanglai: 金币+2, 谢谢指导~ 2012-11-08 18:08:34
两个分子之间只是吸附的关系，不是真正的结合，也是可以比较的。
这时应是范德华力。所选择的计算方法要能反映范德华远程作用的，起码要用b97d。基组也要足够大，如aug-cc-pvdz 。在我的算例中，用cc-pvdz 的结果远比aug-cc-pvdz 差！
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5楼2012-11-08 15:12:45
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luckyzly

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zhou2009 at 2012-11-08 15:12:45
两个分子之间只是吸附的关系，不是真正的结合，也是可以比较的。
这时应是范德华力。所选择的计算方法要能反映范德华远程作用的，起码要用b97d。基组也要足够大，如aug-cc-pvdz 。在我的算例中，用cc-pvdz 的结果远 ...

那请问用高斯计算的时候，加什么输入呢？结果文件看哪个地方呢？
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6楼2012-11-08 17:25:53
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
gmy1990: 金币+3 2012-11-08 20:28:17
不知你的分子体系有多大。
分子如果大，范德华力又要求精确，会产生矛盾，要求计算资源高级。
可以考虑尽可能简化体系，来比较水和二氧化碳哪个吸附更容易。
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7楼2012-11-08 20:06:23
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luckyzly

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by zhou2009 at 2012-11-08 20:06:23
不知你的分子体系有多大。
分子如果大，范德华力又要求精确，会产生矛盾，要求计算资源高级。
可以考虑尽可能简化体系，来比较水和二氧化碳哪个吸附更容易。

100个原子，用6-31g*基组，加入什么关键词输入呢？结果文件看哪个地方呢？
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8楼2012-11-09 14:11:22
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lingznpmg

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
弥散函数应考虑一下吧！
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9楼2012-11-09 15:00:58
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