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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 想问一下甲基化的研究和基因表达的研究有什么不同
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ning145301

金虫 (正式写手)

[求助] 想问一下甲基化的研究和基因表达的研究有什么不同

甲基化的研究是识别不同样本间的差异甲基化区域，基因表达的研究也是识别不同样本间的差异表达基因，这二者有什么本质的不同吗？研究基因表达的方法能否直接用到甲基化数据的研究中呢？
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1楼 2012-11-07 18:48:58
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cesjf

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 谢谢分享经验 2012-11-09 08:19:06
一般来说，甲基化会抑制基因表达，但这需要具体问题具体分析。如果都是基于芯片的数据，研究基因表达的方法当然可以用到甲基化数据上。现在也有基于测序的基因表达(RNA-Seq)和甲基化(比如Bisulfite sequencing)数据。
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ning145301
2楼2012-11-08 02:18:29
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ning145301

金虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by cesjf at 2012-11-08 02:18:29
一般来说，甲基化会抑制基因表达，但这需要具体问题具体分析。如果都是基于芯片的数据，研究基因表达的方法当然可以用到甲基化数据上。现在也有基于测序的基因表达(RNA-Seq)和甲基化(比如Bisulfite sequencing)数据 ...

谢谢，我还是有点迷茫，既然方法可以用，那对于做方法的人来说，好像研究甲基化就没有意义了
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3楼2012-11-08 08:42:39
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cesjf

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

个人感觉基于芯片的甲基化数据方法分析可能没有多大意义了。但基于测序的甲基化数据方面应该还是可以继续做下去的。
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4楼2012-11-08 23:36:04
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ning145301

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by cesjf at 2012-11-08 23:36:04
个人感觉基于芯片的甲基化数据方法分析可能没有多大意义了。但基于测序的甲基化数据方面应该还是可以继续做下去的。

基于测序的甲基化数据可以在公共数据库上下载吗？我刚开始接触这一块，还望高手能指点一二，
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5楼2012-11-09 08:42:53
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竹子小小

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
基因的表达不表达又不光是甲基化控制。研究甲基化不过是研究基因表达的其中一种机制。你当小分子RNA和其它各种酶不存在么。你只研究甲基化一方面也是可以的。
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6楼2012-11-09 10:42:20
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ning145301

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cesjf at 2012-11-08 02:18:29
一般来说，甲基化会抑制基因表达，但这需要具体问题具体分析。如果都是基于芯片的数据，研究基因表达的方法当然可以用到甲基化数据上。现在也有基于测序的基因表达(RNA-Seq)和甲基化(比如Bisulfite sequencing)数据 ...

我还想问一下，基于测序的甲基化数据的格式是怎样的？
基于芯片数据的，是每个CpG位点对应一个甲基化水平，那么基于测序的数据是什么样的呢？谢谢
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7楼2012-11-09 11:00:58
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cesjf

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ning145301: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢你 2012-11-10 08:59:23
你可以看看Human DNA methylomes at base resolution show widespread epigenomic differences, Nature 462, 315-322 (19 November 2009)这篇文章。这是该领域经典文章（可以算是第一篇关于哺乳动物的高分辨率甲基化图谱的文章），相关数据可以在http://neomorph.salk.edu/human_methylome/index.html上下载。
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8楼2012-11-10 00:15:38
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