24小时热门版块排行榜    

查看: 1097  |  回复: 7

ning145301

金虫 (正式写手)

[求助] 想问一下甲基化的研究和基因表达的研究有什么不同

甲基化的研究是识别不同样本间的差异甲基化区域,基因表达的研究也是识别不同样本间的差异表达基因,这二者有什么本质的不同吗?研究基因表达的方法能否直接用到甲基化数据的研究中呢?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cesjf

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wizardfan: 金币+2, 谢谢分享经验 2012-11-09 08:19:06
一般来说,甲基化会抑制基因表达,但这需要具体问题具体分析。如果都是基于芯片的数据,研究基因表达的方法当然可以用到甲基化数据上。现在也有基于测序的基因表达(RNA-Seq)和甲基化(比如Bisulfite sequencing)数据。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2012-11-08 02:18:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ning145301

金虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by cesjf at 2012-11-08 02:18:29
一般来说,甲基化会抑制基因表达,但这需要具体问题具体分析。如果都是基于芯片的数据,研究基因表达的方法当然可以用到甲基化数据上。现在也有基于测序的基因表达(RNA-Seq)和甲基化(比如Bisulfite sequencing)数据 ...

谢谢,我还是有点迷茫,既然方法可以用,那对于做方法的人来说,好像研究甲基化就没有意义了
3楼2012-11-08 08:42:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cesjf

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

个人感觉基于芯片的甲基化数据方法分析可能没有多大意义了。但基于测序的甲基化数据方面应该还是可以继续做下去的。
4楼2012-11-08 23:36:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ning145301

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by cesjf at 2012-11-08 23:36:04
个人感觉基于芯片的甲基化数据方法分析可能没有多大意义了。但基于测序的甲基化数据方面应该还是可以继续做下去的。

基于测序的甲基化数据可以在公共数据库上下载吗?我刚开始接触这一块,还望高手能指点一二,
5楼2012-11-09 08:42:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

竹子小小

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
基因的表达不表达又不光是甲基化控制。研究甲基化不过是研究基因表达的其中一种机制。你当小分子RNA和其它各种酶不存在么。你只研究甲基化一方面也是可以的。
6楼2012-11-09 10:42:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ning145301

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cesjf at 2012-11-08 02:18:29
一般来说,甲基化会抑制基因表达,但这需要具体问题具体分析。如果都是基于芯片的数据,研究基因表达的方法当然可以用到甲基化数据上。现在也有基于测序的基因表达(RNA-Seq)和甲基化(比如Bisulfite sequencing)数据 ...

我还想问一下,基于测序的甲基化数据的格式是怎样的?
基于芯片数据的,是每个CpG位点对应一个甲基化水平,那么基于测序的数据是什么样的呢?谢谢
7楼2012-11-09 11:00:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cesjf

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ning145301: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢你 2012-11-10 08:59:23
你可以看看Human DNA methylomes at base resolution show widespread epigenomic differences, Nature 462, 315-322 (19 November 2009)这篇文章。这是该领域经典文章(可以算是第一篇关于哺乳动物的高分辨率甲基化图谱的文章),相关数据可以在http://neomorph.salk.edu/human_methylome/index.html上下载。
8楼2012-11-10 00:15:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ning145301 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 要骂人了,新模版改版就是要淡化问题凝练这种虚的东西,结果有个评委还在说凝练得不够 +5 瞬息宇宙 2026-08-31 8/400 2026-09-02 09:37 by 昵称告罄
[基金申请] 科研人应该花精力去思考如何解决问题,而不是去凝练问题 +3 瞬息宇宙 2026-09-01 5/250 2026-09-02 08:01 by anjeeshine
[基金申请] 面上合作单位盖章 +6 ssyjh 2026-08-27 9/450 2026-09-01 20:01 by huagongfeihu
[基金申请] 面上函评意见出来了,像什么等级? 20+4 Tsingking1 2026-08-27 17/850 2026-09-01 19:51 by 超级无敌华子
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗? +4 瞬息宇宙 2026-08-31 4/200 2026-09-01 14:58 by jiaoxg
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +7 gdd2018 2026-08-28 12/600 2026-09-01 08:32 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +6 叶九微 2026-08-26 6/300 2026-08-31 23:54 by yudaoqian88
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +6 yuleib84 2026-08-26 7/350 2026-08-31 19:46 by 鱼翔浅底1
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 基金不中,共勉 +12 eulota 2026-08-26 12/600 2026-08-31 08:42 by ZJTJZ
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
信息提示
请填处理意见