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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 跪求兼并引物
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追梦的人1987

金虫 (小有名气)

[求助] 跪求兼并引物

我做基因克隆，先通过双向电泳找到感兴趣的蛋白点，打质谱，获得部分肽段的氨基酸序列，根据数据库搜索其可能是哪种蛋白，因为我们所做的物种还没有全基因组，所以不知道具体的蛋白，只能预测是可能是属于哪个物种的哪个蛋白，然后我们想克隆编码该蛋白的基因，我该如何做呢，看了好多资料，比较迷茫，老板和实验室的同学都不做这一块，别人给的建议是根据给出的肽段设计兼并引物钓基因部分片段然后克隆全基因，还有的是，根据给出的可能蛋白搜索数据库，找不同物种的该蛋白序列，然后做blast比对，找出保守区，设计兼并引物，到底怎么做，调出基因的可能性大一点呢，还有设计兼并引物有好的软件没，因为是菜鸟，希望大家多多给予帮助！！！！
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1楼 2012-11-02 08:58:12
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polepolar

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
追梦的人1987: 金币+5, ★有帮助 2012-11-03 19:31:31
首先,利用你得到的部分肽段的氨基酸序列设计一对简并引物,将这部分扩增出来测序得到具体的DNA序列,然后做RACE.简并引物你可以对着密码子表自己设计,很简单的.
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北京普尔普乐生物技术有限公司(www.polepolar.com)
2楼2012-11-02 23:38:38
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追梦的人1987

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by polepolar at 2012-11-02 23:38:38
首先,利用你得到的部分肽段的氨基酸序列设计一对简并引物,将这部分扩增出来测序得到具体的DNA序列,然后做RACE.简并引物你可以对着密码子表自己设计,很简单的.

只根据得到的部分设计吗，不需要利用蛋白的保守区来设计吗？
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3楼2012-11-03 19:31:11
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polepolar

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 追梦的人1987 at 2012-11-03 19:31:11
只根据得到的部分设计吗，不需要利用蛋白的保守区来设计吗？...

是的,用上这部分序列能是最好的，当然我不知道你打出来多少个氨基酸，至少15个才能用，如果没有这么多的话，还得采用蛋白保守区来设计。
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北京普尔普乐生物技术有限公司(www.polepolar.com)
4楼2012-11-03 20:18:33
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polepolar

银虫 (初入文坛)
如果你打出来了至少15个氨基酸就可以用上，如果不够，还得用保守区来设计
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北京普尔普乐生物技术有限公司(www.polepolar.com)
5楼2012-11-03 20:20:40
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