24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1039  |  回复: 9

微笑生活

铜虫 (小有名气)

[求助] 有做过基因预测的朋友吗

用各种软件把基因预测出来后,进一步注释功能,可是有很多杂乱的序列需要筛除,这个要怎么做呢,因为预测出来的基因太多了,筛过一遍还是留下很多
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
微笑生活: 金币+10, 有帮助 2012-11-05 21:35:12
不同软件都有一定的正确率,像这种情况下,一般使用consensus结果。
2楼2012-10-31 08:12:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

robertorun

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
微笑生活: 金币+10 2012-11-05 21:35:35
evm或glean等整合

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
3楼2012-11-03 12:31:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

微笑生活

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2012-10-31 08:12:04
不同软件都有一定的正确率,像这种情况下,一般使用consensus结果。

谢谢,但是可能我表达得不清楚,我想问的是怎样筛除预测出来的基因中那些假阳性的序列
4楼2012-11-05 21:34:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

微笑生活

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by robertorun at 2012-11-03 12:31:06
evm或glean等整合

谢谢,但是可能我表达得不清楚,我想问的是怎样筛除预测出来的基因中那些假阳性的序列
5楼2012-11-05 21:35:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 微笑生活 at 2012-11-05 21:34:54
谢谢,但是可能我表达得不清楚,我想问的是怎样筛除预测出来的基因中那些假阳性的序列...

consensus result means all tools you use agree with that result, therefore the consensus result should be the most reliable result. Then remove the rest.
For example, you use 5 tools:
A predict a b c
B predict b c
C predict a b d
D predict b c d
E predict b e
In this case result b will be kept and all other result a, c, d, e will be removed.
6楼2012-11-05 22:37:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

微笑生活

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by wizardfan at 2012-11-05 22:37:07
consensus result means all tools you use agree with that result, therefore the consensus result should be the most reliable result. Then remove the rest.
For example, you use 5 tools:
A predict a ...

嗯,谢谢,我明白你的意思,能不能请教点具体的,
比如说我用Pfam来注释基因,用什么标准来确定哪些基因该保留,那些该舍弃呢,是e值,还是只要能注释出来的都算呢
7楼2012-11-06 09:08:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 微笑生活 at 2012-11-06 09:08:21
嗯,谢谢,我明白你的意思,能不能请教点具体的,
比如说我用Pfam来注释基因,用什么标准来确定哪些基因该保留,那些该舍弃呢,是e值,还是只要能注释出来的都算呢...

if you have some measurement like e-value or p-value which estimate the significance of the prediction, using them is a clever way.
Note: there is no comparison between e- or p- values from different tools
8楼2012-11-06 20:28:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xj8442cn

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

有整合软件如Maker PASA等,但是这些软件也有问题,比如MAKER会删除很多实际存在的基因。
9楼2012-11-14 00:10:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

微笑生活

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by xj8442cn at 2012-11-14 00:10:09
有整合软件如Maker PASA等,但是这些软件也有问题,比如MAKER会删除很多实际存在的基因。

看来你有经验啊
对于partial sequences,不知道该怎么处理呢
我看到有文献对于短于80%或者多少的序列进行删除,
可那样也会删掉一些本来存在的基因
10楼2012-11-14 17:40:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 微笑生活 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 284求调剂 +11 junqihahaha 2026-03-26 12/600 2026-03-27 04:37 by wxiongid
[考研] 一志愿郑大085600,310分求调剂 +3 李潇可 2026-03-26 3/150 2026-03-27 03:39 by wxiongid
[考研] 325求调剂 +5 李嘉图·S·路 2026-03-23 5/250 2026-03-27 00:42 by wxiongid
[考研] 329求调剂 +5 1() 2026-03-22 5/250 2026-03-26 20:40 by fmesaito
[考研] 07化学280分求调剂 +8 722865 2026-03-23 8/400 2026-03-26 20:00 by 不吃魚的貓
[考研] 生物学 296 求调剂 +4 朵朵- 2026-03-26 6/300 2026-03-26 19:01 by 不吃魚的貓
[考研] 北科281学硕材料求调剂 +17 tcxiaoxx 2026-03-20 19/950 2026-03-26 16:04 by 不吃魚的貓
[考研] 081700 调剂 267分 +11 迷人的哈哈 2026-03-23 11/550 2026-03-26 15:41 by zzll406
[考研] 一志愿河工大 081700 276求调剂 +4 地球绕着太阳转 2026-03-23 4/200 2026-03-26 14:27 by zzll406
[考研] 0856求调剂 +8 zhn03 2026-03-25 9/450 2026-03-26 13:42 by zzll406
[考研] 一志愿 南京邮电大学 288分 材料考研 求调剂 +3 jl0720 2026-03-26 3/150 2026-03-26 13:39 by zzll406
[考研] 284求调剂 +15 Zhao anqi 2026-03-22 15/750 2026-03-25 12:51 by wht0531
[考研] 085600材料与化工调剂 +9 A-哆啦Z梦 2026-03-23 15/750 2026-03-25 11:18 by Ainin_
[考研] 一志愿武理085500机械专业总分300求调剂 +3 an10101 2026-03-24 7/350 2026-03-25 00:00 by 山鬼0-
[考研] 一志愿南航材料专317分求调剂 +5 炸呀炸呀炸薯条 2026-03-23 5/250 2026-03-24 16:52 by 星空星月
[考研] 求调剂 +7 十三加油 2026-03-21 7/350 2026-03-23 23:48 by 热情沙漠
[考研] 284求调剂 +3 yanzhixue111 2026-03-23 6/300 2026-03-23 22:58 by pswait
[考研] 一志愿070300浙大化学358分,求调剂! +4 酥酥鱼.. 2026-03-21 4/200 2026-03-23 08:12 by Iveryant
[考研] 293求调剂 +3 涛涛Wjt 2026-03-22 5/250 2026-03-22 22:21 by jiangpengfei
[考研] 303求调剂 +5 安忆灵 2026-03-22 6/300 2026-03-22 12:46 by 素颜倾城1988
信息提示
请填处理意见