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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 有做过基因预测的朋友吗
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微笑生活

铜虫 (小有名气)

[求助] 有做过基因预测的朋友吗

用各种软件把基因预测出来后，进一步注释功能，可是有很多杂乱的序列需要筛除，这个要怎么做呢，因为预测出来的基因太多了，筛过一遍还是留下很多
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1楼 2012-10-30 21:18:16
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
微笑生活: 金币+10, ★有帮助 2012-11-05 21:35:12
不同软件都有一定的正确率，像这种情况下，一般使用consensus结果。
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2楼2012-10-31 08:12:04
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robertorun

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
微笑生活: 金币+10 2012-11-05 21:35:35
evm或glean等整合

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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3楼2012-11-03 12:31:06
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微笑生活

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2012-10-31 08:12:04
不同软件都有一定的正确率，像这种情况下，一般使用consensus结果。

谢谢，但是可能我表达得不清楚，我想问的是怎样筛除预测出来的基因中那些假阳性的序列
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4楼2012-11-05 21:34:54
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微笑生活

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by robertorun at 2012-11-03 12:31:06
evm或glean等整合

谢谢，但是可能我表达得不清楚，我想问的是怎样筛除预测出来的基因中那些假阳性的序列
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5楼2012-11-05 21:35:29
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 微笑生活 at 2012-11-05 21:34:54
谢谢，但是可能我表达得不清楚，我想问的是怎样筛除预测出来的基因中那些假阳性的序列...

consensus result means all tools you use agree with that result, therefore the consensus result should be the most reliable result. Then remove the rest.
For example, you use 5 tools:
A predict a b c
B predict b c
C predict a b d
D predict b c d
E predict b e
In this case result b will be kept and all other result a, c, d, e will be removed.
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6楼2012-11-05 22:37:07
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微笑生活

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wizardfan at 2012-11-05 22:37:07
consensus result means all tools you use agree with that result, therefore the consensus result should be the most reliable result. Then remove the rest.
For example, you use 5 tools:
A predict a ...

嗯，谢谢，我明白你的意思，能不能请教点具体的，
比如说我用Pfam来注释基因，用什么标准来确定哪些基因该保留，那些该舍弃呢，是e值，还是只要能注释出来的都算呢
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7楼2012-11-06 09:08:21
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 微笑生活 at 2012-11-06 09:08:21
嗯，谢谢，我明白你的意思，能不能请教点具体的，
比如说我用Pfam来注释基因，用什么标准来确定哪些基因该保留，那些该舍弃呢，是e值，还是只要能注释出来的都算呢...

if you have some measurement like e-value or p-value which estimate the significance of the prediction, using them is a clever way.
Note: there is no comparison between e- or p- values from different tools
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8楼2012-11-06 20:28:15
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xj8442cn

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

有整合软件如Maker PASA等，但是这些软件也有问题，比如MAKER会删除很多实际存在的基因。
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9楼2012-11-14 00:10:09
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微笑生活

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by xj8442cn at 2012-11-14 00:10:09
有整合软件如Maker PASA等，但是这些软件也有问题，比如MAKER会删除很多实际存在的基因。

看来你有经验啊
对于partial sequences，不知道该怎么处理呢
我看到有文献对于短于80%或者多少的序列进行删除，
可那样也会删掉一些本来存在的基因
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10楼2012-11-14 17:40:37
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