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微笑生活

铜虫 (小有名气)

[求助] 有做过基因预测的朋友吗

用各种软件把基因预测出来后,进一步注释功能,可是有很多杂乱的序列需要筛除,这个要怎么做呢,因为预测出来的基因太多了,筛过一遍还是留下很多
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 微笑生活 at 2012-11-06 09:08:21
嗯,谢谢,我明白你的意思,能不能请教点具体的,
比如说我用Pfam来注释基因,用什么标准来确定哪些基因该保留,那些该舍弃呢,是e值,还是只要能注释出来的都算呢...

if you have some measurement like e-value or p-value which estimate the significance of the prediction, using them is a clever way.
Note: there is no comparison between e- or p- values from different tools
8楼2012-11-06 20:28:15
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
微笑生活: 金币+10, 有帮助 2012-11-05 21:35:12
不同软件都有一定的正确率,像这种情况下,一般使用consensus结果。
2楼2012-10-31 08:12:04
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robertorun

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
微笑生活: 金币+10 2012-11-05 21:35:35
evm或glean等整合

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
3楼2012-11-03 12:31:06
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微笑生活

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2012-10-31 08:12:04
不同软件都有一定的正确率,像这种情况下,一般使用consensus结果。

谢谢,但是可能我表达得不清楚,我想问的是怎样筛除预测出来的基因中那些假阳性的序列
4楼2012-11-05 21:34:54
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