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position restraints
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| 想在Gromacs做MD的时候，限制分子的运动。我的分子是个寡聚物，想限制两端的两个原子，如何具体操作？请写详细点儿，谢谢哈！ |
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wangyan10
铁杆木虫 (正式写手)
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2楼2012-10-26 18:11:34
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2012-11-19 13:44:19
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2012-11-19 13:44:19
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你在ndx文件中，将要固定的两原子写一个组里（如a_1）或者分别写在两个组。你在mdp文件中，将组的名称写在freezegrps=之后;在如果x，y，z三个方向全固定，则freezedim=Y Y Y ；如果想固定某一方向，可以自己设置。如只固定y方向，则=N Y N；具体操作过程 根据提示 大该就这么回事 Non-equilibrium MD stuff = acc-grps = accelerate = freezegrps = a_1 freezedim = Y Y Y cos-acceleration = |
3楼2012-11-19 09:46:44
469187892
银虫 (小有名气)
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4楼2012-11-29 08:38:42