应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » forcite做动力学计算出错了，哪位帮忙看一下是什么原因
51/1返回列表
查看: 4906  |  回复: 11
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

longwei1221

铁虫 (小有名气)

[求助] forcite做动力学计算出错了，哪位帮忙看一下是什么原因

我想计算水的自扩散系数，用几种方法都出错了。下面是其中一种使用forcite来计算的结果，哪位看看什么参数设置错误导致中断的？
我分两种方法建模，一个是用AC模块设置密度为1，另外一种是直接建模用forcite的几何优化来建模再做动力学模拟。同时在计算动力学我也尝试了discovery和forcite，结果都中断失败了，不知道什么原因，哪位帮忙看一下吧，谢谢啦！
下面分别是forcite和discovery的错误提示。另外如果谁知道计算扩散系数方法，麻烦告知一声，不胜感激，我愿意奉送全部的金币
Forcite
-------
Task             : Dynamics
Version          : 5.0
Build date       : Oct 22 2009
Host             : meilongwei-PC
Threads          : Parallel 3
Operating system : Windows
Task started     : Tue Oct 23 16:48:46 2012

---- Dynamics parameters ----

Ensemble                        : NPT
Temperature                     : 293.00 K
  Control method                : Velocity Scale
  Temp. difference              : 10.00 K
Pressure                        : 0.00010 GPa
  Control method                : Andersen
  Cell time constant            : 1.0000000 ps
Timestep                        : 10.00 fs
Number of steps                 : 1000000
Duration                        : 10000 ps
Initial velocities              : Random
Random number seed              : 1350982127

---- Energy parameters ----

Forcefield                      : Universal
Electrostatic terms:
  Summation method              : Atom based
  Truncation method             : Cubic spline
  Cutoff distance               : 15.5 A
  Spline width                  : 1 A
  Buffer width                  : 0.5 A

van der Waals terms:
  Summation method              : Atom based
  Truncation method             : Cubic spline
  Cutoff distance               : 15.5 A
  Spline width                  : 1 A
  Buffer width                  : 0.5 A

Dynamics calculation - Aborting dynamics.
An unphysical integration step (>100 Angstroms) has been detected.
Try reducing the time step or relaxing the structure first.


discovery错误提示

        DISCOVER Molecular Simulation Program

                Version:   2009.1
                Build:     Oct 22 2009
                Date:      Tue Oct 23 15:49:33 2012
                User Name: MEILONGWEI-PC$
                Host Name: meilongwei-PC
                Host Type: Windows
                Threads:   1


---------------------------------------------------------------
Checked out license feature: MS_discover_MP [for msi] (1 copy)
---------------------------------------------------------------

randomSeed is set to 978573

Line   7:BTCL> autoEcho off

---------------------------------------------------------------
Checked out license feature: MS_compass_MP [for msi] (1 copy)
---------------------------------------------------------------

INPUT FILES
___________

File Type                Name
---------                ----

Forcefield                C:\PROGRA~1\Accelrys\MATERI~1.0\etc\Gateway\..\..\share\Discover\res/compass.frc
Molecular data                Molecule1.mdf
Coordinate                Molecule1.car

Periodic Boundary Conditions
____________________________

                Length (A)                Angle (degrees)
                ----------                ---------------

                a 10.61650                alpha  90.00000
                b 10.61650                beta   90.00000
                c 10.61650                gamma  90.00000


MOLECULAR TOPOLOGY
__________________

Number of molecules:                    40
Number of residues:                    40
Number of atoms:                   120 (asymmetric unit: 120)
Number of atom types:                     3
Number of bonds:                    80
Number of consolidated angles:            40

FORCEFIELD OPTIONS
__________________

Filename                  : compass.frc
Definition name                  : cff91
Version                          : 2.8
Last modification date          : 3/6/2007
# of automatic parameters : 0

NONBOND ENERGY CUTOFFS
______________________

                Cutoff (A)        Spline Width (A)        Buffer Width (A)

vdW                  9.50                     1.00                     0.50
Coulomb                   --                       --                       --

NONBOND ENERGY EWALD PARAMETERS
_______________________________

                Accuracy (kcal/mol)        Update Width (A)

vdW                   --                               --
Coulomb                  0.01000000                     1.00

Summation method for vdW        : Atom based
Summation method for Coulomb        : Ewald
Dielectric                        : 1.00
NOTE: Pressure and energy tail corrections will be added to all subsequent energy evaluations


MOLECULAR DYNAMICS
__________________

Ensemble           :       NPT

Temperature        :    293.00 K
Control Method     :   Andersen, Collision frequency is every 68 steps

Pressure           :    0.0001 GPa
Stress             : Sxx =    0.0000 GPa Syy =    0.0000 GPa Szz =    0.0000 GPa
                   : Syz =    0.0000 GPa Sxz =    0.0000 GPa Sxy =    0.0000 GPa
Control Method : Berendsen , tau =   0.1443 psec , compressibility =   0.5000

Timestep           :      1.00 fs
Duration           :1000000.00 fs
Integration Method : Velocity Verlet

Initial Velocities :   Random Velocities from Boltzmann distribution
Initial Temp.      :    293.00 K


Error: Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION,  5000.000
    invoked from within
"dynamics \
    time = 1000000.00 \
    timestep = 1.00 \
    initial_temperature = 293.00 \
    ensemble = NPT \
    temperature_control_method = ande ..."

Total time used by DISCOVER: 24 mins 7.05 secs (1447.05 secs)

Completion date: Tue Oct 23 16:13:41 2012
Exiting Discover: An ERROR has occurred!
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子模拟

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
愿得一人心，白首不相离
1楼2012-10-23 16:56:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longwei1221

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by yangyy11 at 2012-10-25 17:02:29
这里有个水分子的扩散系数的模拟教程，应该能解决楼主的问题！http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=5096305

谢谢你的好心了，这个也是我自己发的，遇到问题如果部分解决了我就会公布出来的
赞一下(1人) 回复此楼
愿得一人心，白首不相离
9楼2012-11-03 11:18:11
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

wangzhikun

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
longwei1221: 金币+6, ★★★很有帮助, 好的，谢谢啊，我试试 2012-10-23 22:18:27
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-24 15:00:13
将动力学里面的 timestep设置成1 试一下。你的设置好像是 10 ，太大了。
赞一下 回复此楼
微笑，便是最好的生活态度。
2楼2012-10-23 19:54:35
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longwei1221

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangzhikun at 2012-10-23 19:54:35
将动力学里面的 timestep设置成1 试一下。你的设置好像是 10 ，太大了。

麻烦帮忙看一下这个错误是什么原因导致的好吗？被告知能量太大，不知道该如何设置可以减小这个能量

Forcite
-------
Task             : Dynamics
Version          : 5.0
Build date       : Oct 22 2009
Host             : meilongwei-PC
Threads          : Parallel 3
Operating system : Windows
Task started     : Wed Oct 24 10:17:10 2012

---- Dynamics parameters ----

Ensemble                        : NPT
Temperature                     : 300.00 K
  Control method                : Andersen
  Collision ratio               : 1.0000000
Pressure                        : 0.00010 GPa
  Control method                : Andersen
  Cell time constant            : 1.0000000 ps
Timestep                        : 1.00 fs
Number of steps                 : 1000000
Duration                        : 1000 ps
Initial velocities              : Random
Random number seed              : 1351045030

---- Energy parameters ----

Forcefield                      : Universal
Electrostatic terms:
  Summation method              : Atom based
  Truncation method             : Cubic spline
  Cutoff distance               : 18.5 A
  Spline width                  : 1 A
  Buffer width                  : 0.5 A

van der Waals terms:
  Summation method              : Atom based
  Truncation method             : Cubic spline
  Cutoff distance               : 18.5 A
  Spline width                  : 1 A
  Buffer width                  : 0.5 A


---- Thermostat ----

Andersen collision period: every 222 steps.


Dynamics calculation - Deviation in total energy (2.21112e+012) between successive steps was greater than the specified maximum (5000).




Task terminated               : Wed Oct 24 10:17:17 2012
Total CPU time used by Forcite: 4 seconds (3.82s)

Termination status : Error
赞一下 回复此楼
愿得一人心，白首不相离
3楼2012-10-24 10:20:38
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huangshuang1

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
longwei1221: 金币+4, ★有帮助, 谢谢回复，不过应该不是增加5000的问题，因为total energy已达12次方了 2012-10-24 14:58:28
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2012-10-24 15:00:33
你需要增加能量，把5000加大试试
赞一下 回复此楼
4楼2012-10-24 10:29:46
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭