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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 实在不知道siesta如何开始运行，折腾了好几天 能尝试的都试了。
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杨寻

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 实在不知道siesta如何开始运行，折腾了好几天 能尝试的都试了。

在我的/siesta目录下建立fe.fdf 和fe. psf 这两个文件。然后还有个脚本。总共三个文件，但是就是不能运行，一直处于排队状态，不是服务器的问题，换成gaussian和vasp都能立即运行，而且排队两天都不能计算。所以敢问大家：
是不是运行siesta只需要输入文件fe.fdf和赝势文件fe.psf?
还是我的脚本写的有问题？实在是找不出原因。 希望高手指条明路，非常感谢。
写脚本如下：
#PBS -N siesta
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -j oe
#PBS -l walltime=1000:00:00
cd $PBS_O_WORKDIR


source /opt/intel/Compiler/11.1/072/bin/iccvars.sh intel64
source /opt/intel/Compiler/11.1/072/bin/ifortvars.sh intel64
source /opt/intel/impi/4.0.0.028/bin64/mpivars.sh
source /opt/intel/impi/4.0.0/bin/mpivars.sh
source /opt/intel/impi/4.0.0/ia32/bin/mpivars.sh
source /opt/intel/Compiler/11.1/072/mkl/tools/environment/mklvarsem64t.sh
source
/opt/intel/Compiler/11.1/072/mkl/tools/environment/mklvars64.sh
source
/opt/intel/Compiler/11.1/072/mkl/tools/environment/mklvars32.sh
source /opt/intel/mkl/10.2.5.035/tools/environment/mklvars32.sh
source /opt/intel/mkl/10.2.5.035/tools/environment/mklvars64.sh
source /opt/intel/mkl/10.2.5.035/tools/environment/mklvarsem64t.sh
source /opt/intel/mpi-rt/4.0.0/bin/mpivars.sh
source /opt/intel/mpi-rt/4.0.0/bin/compchk.sh
source /opt/intel/mpi-rt/4.0.0/bin64/compchk.sh
source /opt/intel/mpi-rt/4.0.0/bin64/mpivars.sh
source /opt/intel/cmkl/10.2.5.035/tools/environment/mklvars32.sh
source /opt/intel/cmkl/10.2.5.035/tools/environment/mklvars64.sh
source /opt/intel/cmkl/10.2.5.035/tools/environment/mklvarsem64t.sh

NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`
mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NP \
/opt/software/siesta-3.0-b/Src/siesta <$fe.fdf >& $fe.out
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1楼 2012-10-22 20:36:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yangxuezhang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
依照我的经验，一直排队不能算可能是核的数目设置得不合理，你不妨改成1到两个核，算一个小的包，看看情况是什么样子的
赞一下 回复此楼
2楼2012-10-23 15:00:51
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杨寻

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yangxuezhang at 2012-10-23 15:00:51
依照我的经验，一直排队不能算可能是核的数目设置得不合理，你不妨改成1到两个核，算一个小的包，看看情况是什么样子的

你好，我是第一次学习使用siesta计算多核分子磁体的磁性耦合常数。
我问下要运行siesta是只需要输入文件*.fdf 和赝势文件*.psf 这两个文件就就够吧？

该小了核也没用，我试过了，请问我的脚本没问题吧？
多谢了。非常感谢。
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3楼2012-10-23 15:37:11
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ice_rain

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你可以不用队列测试一下，直接用mpirun运行siesta ，看看你的并行程序。 如果能算，那就队列的问题了。 我觉得如果排队一般是队列提交脚本问题。 好好查查，还有队列设置。
赞一下 回复此楼
4楼2012-10-23 16:44:41
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杨寻

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ice_rain at 2012-10-23 16:44:41
你可以不用队列测试一下，直接用mpirun运行siesta ，看看你的并行程序。 如果能算，那就队列的问题了。 我觉得如果排队一般是队列提交脚本问题。 好好查查，还有队列设置。

非常感谢
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5楼2012-10-23 17:39:16
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mengfc

金虫 (正式写手)
感觉是mpi的问题
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6楼2012-10-23 18:58:46
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yangxuezhang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 杨寻 at 2012-10-23 15:37:11
你好，我是第一次学习使用siesta计算多核分子磁体的磁性耦合常数。
我问下要运行siesta是只需要输入文件*.fdf 和赝势文件*.psf 这两个文件就就够吧？

该小了核也没用，我试过了，请问我的脚本没问题吧？
多谢 ...

首先你应该提交到前台看能不能运算，排除是不是输入文件的问题，如果能算，说明是脚本的问题，如果是脚本的问题，那就要找懂集群的高手了，一般人都只是大概知道要设置哪几个参数，都是爱莫能助了
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7楼2012-10-24 14:57:18
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