| 查看: 1208 | 回复: 6 | |||
杨寻铁杆木虫 (著名写手)
|
[求助]
实在不知道siesta如何开始运行，折腾了好几天 能尝试的都试了。
|
|
在我的/siesta目录下建立fe.fdf 和fe. psf 这两个文件。然后还有个脚本。总共三个文件，但是就是不能运行，一直处于排队状态，不是服务器的问题，换成gaussian和vasp都能立即运行，而且排队两天都不能计算。所以敢问大家： 是不是运行siesta只需要输入文件fe.fdf和赝势文件fe.psf? 还是我的脚本写的有问题？实在是找不出原因。 希望高手指条明路，非常感谢。 写脚本如下： #PBS -N siesta #PBS -l nodes=1:ppn=8 #PBS -j oe #PBS -l walltime=1000:00:00 cd $PBS_O_WORKDIR source /opt/intel/Compiler/11.1/072/bin/iccvars.sh intel64 source /opt/intel/Compiler/11.1/072/bin/ifortvars.sh intel64 source /opt/intel/impi/4.0.0.028/bin64/mpivars.sh source /opt/intel/impi/4.0.0/bin/mpivars.sh source /opt/intel/impi/4.0.0/ia32/bin/mpivars.sh source /opt/intel/Compiler/11.1/072/mkl/tools/environment/mklvarsem64t.sh source /opt/intel/Compiler/11.1/072/mkl/tools/environment/mklvars64.sh source /opt/intel/Compiler/11.1/072/mkl/tools/environment/mklvars32.sh source /opt/intel/mkl/10.2.5.035/tools/environment/mklvars32.sh source /opt/intel/mkl/10.2.5.035/tools/environment/mklvars64.sh source /opt/intel/mkl/10.2.5.035/tools/environment/mklvarsem64t.sh source /opt/intel/mpi-rt/4.0.0/bin/mpivars.sh source /opt/intel/mpi-rt/4.0.0/bin/compchk.sh source /opt/intel/mpi-rt/4.0.0/bin64/compchk.sh source /opt/intel/mpi-rt/4.0.0/bin64/mpivars.sh source /opt/intel/cmkl/10.2.5.035/tools/environment/mklvars32.sh source /opt/intel/cmkl/10.2.5.035/tools/environment/mklvars64.sh source /opt/intel/cmkl/10.2.5.035/tools/environment/mklvarsem64t.sh NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l` mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NP \ /opt/software/siesta-3.0-b/Src/siesta <$fe.fdf >& $fe.out |
回复此楼» 猜你喜欢
职称评审没过，求安慰
已经有21人回复
-
垃圾破二本职称评审标准
已经有15人回复
-
投稿Elsevier的Neoplasia杂志，到最后选publishing options时页面空白，不能完成投稿
已经有20人回复
-
EST投稿状态问题
已经有7人回复
-
毕业后当辅导员了，天天各种学生超烦
已经有4人回复
-
聘U V热熔胶研究人员
已经有10人回复
-
求助文献
已经有3人回复
-
投稿返修后收到这样的回复，还有希望吗
已经有8人回复
-
三无产品还有机会吗
已经有6人回复
yangxuezhang
金虫 (正式写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 2250.4
- 散金: 216
- 红花: 5
- 帖子: 564
- 在线: 211.1小时
- 虫号: 1967414
- 注册: 2012-09-01
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
2楼2012-10-23 15:00:51
杨寻
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 7081.1
- 散金: 29
- 红花: 4
- 帖子: 1146
- 在线: 367小时
- 虫号: 952321
- 注册: 2010-02-04
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
3楼2012-10-23 15:37:11
ice_rain
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 34 (小学生)
- 贵宾: 0.871
- 金币: 5590.5
- 散金: 60
- 红花: 6
- 帖子: 848
- 在线: 963.6小时
- 虫号: 283377
- 注册: 2006-10-08
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
4楼2012-10-23 16:44:41
杨寻
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 7081.1
- 散金: 29
- 红花: 4
- 帖子: 1146
- 在线: 367小时
- 虫号: 952321
- 注册: 2010-02-04
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
5楼2012-10-23 17:39:16
mengfc
金虫 (正式写手)
- 1ST强帖: 1
- 应助: 20 (小学生)
- 金币: 1301.2
- 散金: 1807
- 红花: 5
- 帖子: 927
- 在线: 524.4小时
- 虫号: 818484
- 注册: 2009-07-30
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
6楼2012-10-23 18:58:46
yangxuezhang
金虫 (正式写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 2250.4
- 散金: 216
- 红花: 5
- 帖子: 564
- 在线: 211.1小时
- 虫号: 1967414
- 注册: 2012-09-01
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
7楼2012-10-24 14:57:18